Tỉnh Quảng Ninh xác định phải thiết lập được một hệ thống quản lý toàn diện và có những chiến lược căn cơ hơn, không để cho những yếu tố gây ô nhiễm môi trường tác động lên Di sản, tránh việc đánh đổi giữa bảo tồn với phát triển du lịch. Thông qua những cuộc hội thảo khoa học, những đánh giá mang tính chuyên sâu, qua các chuyến tham quan học tập kinh nghiệm trên thế giới, một loạt giải pháp mang tính chất tiên phong, đột phá trong công tác bảo vệ môi trường đã được tỉnh triển khai rốt ráo. Trong đó là câu chuyện di dời các hộ dân làng chài trên Vịnh lên bờ sinh sống từ năm 2014 nhưng vẫn bảo đảm an sinh xã hội, phúc lợi cho người dân; tổ chức cấm đánh bắt thủy sản trong vùng bảo vệ tuyệt đối khu di sản từ năm 2018, các trường hợp vi phạm đều bị xử lý nghiêm theo quy định; triển khai lập các điểm quy hoạch nuôi trồng thủy sản nằm ngoài khu vực bảo vệ tuyệt đối di sản.

Đặc biệt, công tác bảo vệ môi trường, phòng ngừa, kiểm soát ô nhiễm môi trường di sản luôn được tỉnh ưu tiên hàng đầu với nhiều nỗ lực nhằm cải thiện, bảo đảm môi trường Vịnh Hạ Long và tạo ra những đột phá mới. Qua đó thu hút được nhiều dự án về bảo vệ môi trường Vịnh Hạ Long như: Dự án Tăng trưởng xanh, dự án bảo vệ môi trường Vịnh Hạ Long do tổ chức JICA tài trợ....

Mặt khác, để kiểm soát ô nhiễm từ nguồn, thời gian qua, Quảng Ninh đã ban hành nhiều văn bản, kế hoạch, nghị quyết về bảo vệ môi trường, đồng thời chỉ đạo các ngành chức năng chú trọng thu gom, giảm thiểu chất thải phát sinh, kiểm soát chất lượng môi trường Vịnh Hạ Long. Nhằm ngăn chặn từ nguồn các nguồn thải, cũng đã kiên quyết di chuyển các hoạt động vận chuyển, bốc rót than, clinker, đá vôi trên Vịnh Hạ Long; di dời các cơ sở gây ô nhiễm ra khỏi khu vực vùng đệm (nhà máy sàng tuyển than, các cảng than); tiến tới đóng cửa toàn bộ các mỏ khai thác đá, vật liệu xây dựng thông thường trong năm 2025; chấm dứt không cấp phép hoạt động các nhà máy có nguy cơ ảnh hưởng đến môi trường Vịnh Hạ Long. Thực hiện lộ trình đóng cửa các mỏ than khai thác lộ thiên, đến nay đã đóng cửa mỏ Núi Béo là mỏ khai thác lộ thiên lớn nhất TP Hạ Long, dự kiến năm 2028 sẽ chấm dứt khai thác than lộ thiên tại khu vực Hạ Long; trồng cây hoàn nguyên môi trường, phủ xanh bãi thải sau khai thác. Đến năm 2030, dự kiến sẽ chấm dứt hoạt động các nhà máy xi măng tại khu vực phụ cận Vịnh Hạ Long.

Trong mọi chiến lược phát triển, dù ở giai đoạn nào tỉnh cũng xác định không phát sinh cơ sở công nghiệp mới; không cấp phép hoạt động các nhà máy có nguy cơ ảnh hưởng đến môi trường Vịnh. Đồng thời, để bảo đảm nguồn nước không bị ô nhiễm, các phao xốp được yêu cầu thay thế bằng các vật liệu nổi bền vững tại các cơ sở NTTS; thực hiện quan trắc, giám sát định kỳ hàng quý hiện trạng môi trường nước tại 41 điểm quan trắc trên Vịnh; đầu tư lắp đặt và vận hành 2 trạm quan trắc môi trường nước thải ven bờ tự động; tăng cường vai trò, trách nhiệm kiểm tra, giám sát và sự phối hợp giữa các địa phương, các ngành trong việc kiểm soát nguồn thải. Hầu hết các khu công nghiệp đều có hệ thống thu gom, xử lý nước thải trước khi thải ra môi trường.

Tỉnh cũng đã triển khai thực hiện Dự án thoát nước và xử lý nước thải sinh hoạt TP Hạ Long, đầu tư nâng cấp các hệ thống thu gom, xử lý nước thải tại các địa phương ven bờ Vịnh Hạ Long từng bước nâng cao tỷ lệ thu gom, xử lý nước thải khu đô thị tập trung ven bờ (Hạ Long, Cẩm Phả, Vân Đồn, Quảng Yên) hiện tại đạt gần 60%, phấn đấu đến năm 2025 đạt 65%.

Liên quan đến hoạt động của các tàu du lịch, tỉnh cũng yêu cầu lắp đặt thiết bị phân ly dầu nước, các tàu du lịch đóng mới trên Vịnh Hạ Long đều có hệ thống xử lý nước thải bảo đảm quy chuẩn; triển khai dự án xử lý, giảm thiểu ô nhiễm nước thải tại các điểm tham quan trên Vịnh Hạ Long sử dụng công nghệ Jokaso, Uniship. Năm 2018, Hạ Long áp dụng Bộ tiêu chí Nhãn sinh thái “Cánh buồm xanh” cho tàu du lịch trên vịnh để khuyến khích các tàu du lịch tuân thủ các tiêu chí về bảo vệ môi trường và phát triển bền vững. Tiếp đó, từ ngày 1/9/2019, chương trình “Vịnh Hạ Long không rác thải nhựa” cũng đã chính thức được triển khai. Theo đó, các tàu và du khách khi tham quan trên Vịnh không sử dụng các sản phẩm từ nhựa dùng một lần.