Từ xa xưa, núi Yên Tử đã được các nhà địa lý cổ Phương Đông xem như là một trong những phúc địa “Giao Châu”, nơi tích tụ khí thiêng sông núi, trời đất giao hòa, giúp con người dễ dàng thoát tục để đến với một không gian thanh tịnh, không vướng bụi trần. Bởi vậy trong lịch sử, danh sơn Yên Tử trở thành nơi hội ngộ của các bậc Thiền sư đạo cao đức trọng.

Tương truyền, trước Công nguyên, An Kỳ Sinh - một đạo sỹ phương Bắc đã chọn núi Yên Tử làm nơi tu tiên luyện đan, khi mất hóa thành pho tượng đá, ngàn đời gắn bó với nơi này. Đến cuối thế kỷ 13, sau khi lãnh đạo quân dân nhà Trần chiến thắng quân xâm lược, đức vua Trần Nhân Tông nhận thấy: thống nhất, đoàn kết dân tộc là yếu tố cốt lõi để bảo vệ, xây dựng đất nước, gìn giữ nền độc lập của dân tộc. Để làm được điều đó, cần một hệ tư tưởng thống nhất làm nền tảng tinh thần đại đoàn kết toàn dân tộc. Nhà vua quyết tâm truyền lại ngôi báu, xuất gia, xây dựng hệ tư tưởng tinh thần của dân tộc, và Yên Tử được Ngài chọn làm nơi tu hành.

Nhà sử học Dương Trung Quốc chia sẻ: 9 năm tu hành tại non thiêng Yên Tử, từ 1299 đến 1308, Phật hoàng Trần Nhân Tông đã cùng các đệ tử thống nhất các Thiền phái có trước, kết hợp với Đạo giáo, Nho giáo và tín ngưỡng dân gian, phát triển Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử - Phật giáo của Đại Việt thời bấy giờ. Với hạt nhân giáo lý là: Phật không ở đâu xa, mà ở chính trong tâm; Phật tức là Đời. Đây là di sản to lớn, quý báu, làm phong phú, sâu sắc thêm bản sắc văn hóa dân tộc.

Với việc trở thành chốn linh thiêng gắn liền với phần lớn cuộc đời tu hành, đắc đạo của Phật hoàng Trần Nhân Tông, Yên Tử từ đó cũng trở thành chốn Tổ của Đạo Phật Việt Nam. Hệ thống di tích thuộc Quần thể di sản Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc đều là những minh chứng lịch sử cho sự hình thành, ra đời, phát triển đỉnh cao của Phật giáo Trúc Lâm.

Tháng 11/1992 tại Hà Nội, Đại hội Phật giáo toàn quốc lần III đã diễn ra với một trong những nội dung chủ đạo là thống nhất quan điểm Yên Tử là trung tâm Phật giáo của Việt Nam. Nằm trong sự kiện này, đoàn đại biểu dự đại hội cũng đã về Khu di tích lịch sử và danh thắng Yên Tử và chính thức đưa ra kiến nghị về việc dừng triển khai dự án mỏ than Yên Tử, vốn khi đó đang được hình thành ở vùng lõi di sản này.

Năm 1996, Yên Tử được trung ương đầu tư trùng tu, tôn tạo, các chùa Bảo Sái, Vân Tiêu, Hoa Yên, Cầm Thực, Suối Tắm, Giải Oan, Bí Thượng, vườn Tháp… Giai đoạn 2000 - 2005, chùa Lân hay còn gọi Thiền viện Trúc lâm Yên Tử được khôi phục và Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo (GHPG) Việt Nam tỉnh Quảng Ninh được thành lập, chính thức đánh dấu sự có mặt và tác động trực tiếp của tổ chức phật giáo, giới tăng ni và các hoạt động Phật pháp tại Yên Tử.

Năm 2006, theo nguyện vọng của phật tử muốn có bảo tượng về Phật hoàng Trần Nhân Tông để tưởng nhớ công ơn của ngài, GHPG Việt Nam nói chung, Ban Trị sự GHPG Việt Nam tỉnh Quảng Ninh nói riêng đã đứng ra thực hiện nội dung này.

Được sự đồng thuận của Tỉnh ủy, UBND tỉnh Quảng Ninh, Ban Trị sự Phật giáo tỉnh đã làm 7 mẫu tượng trưng bày tại khu Danh thắng Yên Tử để lấy ý kiến nhân dân. Kết quả thống nhất sử dụng mẫu tượng Phật hoàng ngồi tĩnh tọa trên đài sen, đúc bằng đồng và đặt tại An Kỳ Sinh.

Mặc dù, đã có kinh nghiệm trong việc xây dựng chùa Đồng, nhưng việc đúc tượng Phật hoàng Trần Nhân Tông bảo đảm yêu cầu kỹ thuật với công trình nặng trên 130 tấn, chất liệu đúc bằng đồng nguyên chất, theo phương thức đúc tại chỗ - liền khối, lại xây dựng tại địa hình khá hiểm trở ở độ cao trên 900m so với mực nước biển... là rất khó khăn.

Tuy nhiên, sau 4 năm triển khai  thi công, bảo tượng Phật hoàng cao 12,6m, nặng 138 tấn đồng nguyên chất đã hoàn thành và được khánh thành đúng dịp Đại lễ kỷ niệm 705 năm Đức Vua-Phật hoàng Trần Nhân Tông nhập niết bàn. Công trình có giá trị đầu tư trên 70 tỷ đồng, bằng nguồn công đức.

Cuối năm 2023, vào dịp tỉnh Quảng Ninh kỷ niệm 60 năm thành lập, công trình Cung Trúc Lâm đã được khánh thành và trở thành một trong những công trình tiêu biểu chào mừng ngày lễ lớn của tỉnh. Cung Trúc Lâm - công trình đồ sộ nhất trong tổng thể Trung tâm văn hoá Trúc Lâm Yên Tử do Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam tỉnh Quảng Ninh làm chủ đầu tư, tổng kinh phí hơn 200 tỷ đồng từ nguồn công đức và xã hội hóa. Kiến trúc sư người Mỹ Bill Bensley đã thiết kế công trình này từ cảm hứng về kiến trúc của tháp Huệ Quang.

Sau 2 năm xây dựng, công trình Cung Trúc Lâm đã hoàn thành giai đoạn 1 với diện tích rộng hơn 6.000m2, tái hiện một không gian văn hóa - lịch sử mang phong cách thiền - thời Trần, thế kỷ XIII. Các chi tiết cổng, cửa cuốn vòm, bức tường dày, mái ngắn lợp ngói mũi sen sẫm màu, các đường phào chỉ dọc theo riềm mái… được kế thừa từ tháp tổ.

Cùng với phục dựng các di sản vật thể, GHPG Việt Nam nói chung, Ban trị sự GHPG Việt Nam tỉnh Quảng Ninh nói riêng dành sự quan tâm lớn cho công tác khôi phục, bảo tồn và phát huy giá trị văn hoá phi vật thể, điển hình như hoạt động khôi phục điệu múa cổ Bài Bông. Tương truyền đây là điệu múa có nguồn gốc từ thời nhà Trần, do Trần Quang Khải dựng nên để ca múa trong ngày lễ Thái bình diên yến. Điệu múa đã tái xuất chính thức vào lễ khai hội Yên Tử mùa xuân năm 2008 và những năm sau đó, nhận được sự hoan nghênh nhiệt liệt của giới chuyên môn, phật tử và nhân dân.

Yên Tử cũng là một ví dụ nổi bật về sự tương tác của con người với môi trường. Mối quan hệ mật thiết này phù hợp với tinh thần của Phật giáo Trúc Lâm, trân trọng cuộc sống yêu thương, hài hòa và bảo vệ thiên nhiên.

Sự ra đời của Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử và những giai đoạn phát triển rực rỡ dưới triều Trần cùng những bước thăng trầm qua những giai đoạn lịch sử khác nhau của dân tộc đã thể hiện những nỗ lực đưa Phật giáo sát cánh cùng dân tộc, tạo nên một hệ tư tưởng Phật học mang đậm bản sắc văn hóa của dân tộc.