Nguyên nhân gây nên các bệnh truyền qua thực phẩm có thể xếp thành 2 nhóm chính: nhóm nguyên nhân do hóa chất và nhóm nguyên nhân do vi sinh vật.
Nhóm nguyên nhân do hóa chất:
Bao gồm các chất độc có tự nhiên trong thực phẩm (chất sôlamin có trong mầm khoai tây, axit xyhyandric trong sắn, măng, các độc tố nấm...) và trong động vật (chất bufôgin trong cóc, chất tetrodotocxin trong cá nóc...) các chất gây đãng trí (ASP), gây tiêu chảy (DSP), gây liệt thần kinh (NSP), gây liệt cơ (PSP) trong nhuyễn thể... Các chất cho thêm vào thực phẩm để bảo quản (các chất sát khuẩn, chất chống ô xy hóa, chất chống mốc), chất dễ tăng tính hấp dẫn của thực phẩm (chất ngọt tổng hợp) các phẩm màu và để chế biến đặc biệt (các men, các chất làm trắng bột và làm tăng độ dẻo, ròn). Các loại hóa chất này nếu dùng đúng liều, đúng chủng loại, đúng kỹ thuật thì không nguy hiểm. Song ở nước ta, tình trạng dùng hóa chất độc ngoài danh mục cho phép, dùng quá liều, dùng không đúng quy cách lại khá phổ biến. Qua nhiều đợt kiểm tra của Cục Vệ sinh an toàn thực phẩm đã phát hiện ra nhiều nơi sử dụng hàn the, rượu có cyclamat, phomaldehyt trong bánh phở; các trường hợp sử dụng phẩm màu độc trong chế biến thực phẩm không phải là hiếm. Các hóa chất lẫn vào thực phẩm còn có thể là các kim loại nặng (chì, thủy ngân, asen, đồng, kẽm, thiếc...) các chất dẻo và hóa chất bảo vệ thực vật.
Ngoài ra, một số hóa chất độc còn được sinh ra từ thực phẩm bị ôi hỏng như thực phẩm giàu chất đạm bị ôi hỏng sinh ra chất methyl amin, các nhóm amin mạnh kín (histamin, tryptamin), các chất dầu mỡ bị ôi hỏng dễ sinh ra các chất glyxerin, axit béo tự do, các peroxy, aldehyd, xe ton...
Nhóm nguyên nhân vi sinh vật:
Trước tiên phải kể đến các vi khuẩn: Tả, thương hàn, lỵ trực khuẩn, clostridium, bacinus, burucen, campylobacter, E.Co li, listeria, staphylococcus, mycobacterium... Các vi khuẩn có thể tồn tại trong thực phẩm một thời gian dài, tùy theo loại vi khuẩn, ví dụ: vi khuẩn thương hàn có thể tồn tại trong ruột bánh mỳ từ 25-30 ngày, trong mỡ tới 90 ngày, trong nước tới 183 ngày, trong thực phẩm lạnh tới vài tháng. Vi khuẩn tả có thể tồn tại trong cá, cua, sò tới 40 ngày. Vi khuẩn lao tồn tại trong sữa chua tới 20 ngày, trong pho mát tới 90 ngày. Vi khuẩn bacinus anthracis có thể tồn tại trong thịt muối tới 45 ngày, trong nước trên 13 năm.
Các vi rút có thể gây bệnh truyền qua thực phẩm là: vi rút viêm gan A, E, G, poliovirus, rotavirus, vi rút norwalk. Các ký sinh trùng hay gặp trong các bệnh truyền qua thực phẩm là Cetamoeba hýtolytica, các ký sinh trùng gây bệnh giun đũa, giun tóc, giun xoắn, giun móc, sán lá gan nhỏ, sán lá phổi, sán dây lợn, sán dây bò.
Các yếu tố cơ hội dẫn đến các bệnh truyền qua thực phẩm bao gồm: nhóm các yếu tố gây ô nhiễm thực phẩm (do sản xuất, chế biến, thu hoạch không đảm bảo các yêu cầu vệ sinh an toàn, gây ô nhiễm thực phẩm), nhóm các yếu tố ảnh hưởng đến sự tồn tại của mầm bệnh trong thực phẩm (không đun nấu kỹ, không xử lý đầy đủ các yêu cầu vệ sinh theo quy định), và nhóm các yếu tố gây tái nhiễm (do bảo quản không đảm bảo, gây tái nhiễm từ người chế biến, phục vụ, từ môi trường, dụng cụ...).
Để phòng ngừa các bệnh truyền qua thực phẩm cần tác động vào nhóm cơ hội trên. Trước tiên cần tác động vào khâu sản xuất, chế biến thực phẩm bao gồm cả trồng trọt, chăn nuôi, đánh bắt thủy sản. Phải bắt đầu từ khâu giống, thuốc thú y, thức ăn gia súc, phân bón cho đến quá trình sản xuất, quá trình chăm sóc thu hoạch, chế biến, bảo quản. Tất cả đều phải tuân thủ các quy định về an toàn, vệ sinh, áp dụng các phương pháp quản lý chất lượng. Mặt khác,cần tác độngkhâu lưu thông, dịch vụ để bảo đảm thực phẩm không bị tái nhiễm và không bị biến chất hư hỏng. ở khâu này, vai trò người làm dịch vụ ăn uống là rất quan trọng, cần phải tuân thủ các quy định về y tế. Khâu cuối cùng là tiêu dùng, làm sao để mỗi người phải trở thành “người tiêu dùng thông thái” biết cách tự bảo vệ mình và gia đình không bị mắc các bệnh truyền qua thực phẩm.
