Hiện tình trạng TTATGT đường thuỷ trên địa bàn huyện Vân Đồn có rất nhiều tồn tại, bất cập. Theo kết quả khảo sát của liên ngành chức năng tỉnh tháng 9-2010 thì cảng Vân Đồn hiện quá tải nghiêm trọng.
Lực lượng liên ngành kiểm tra điều kiện an toàn của tàu vận chuyển khách tuyến Cái Rồng - Quan Lạn. Cảng Vân Đồn được xây dựng năm 1993, được công bố cảng hành khách vào năm 2004, gồm một cầu cảng dài 108m, rộng 6m, tổng diện tích vùng nước cảng 2.200m2, công suất cập cầu cảng tối đa 12 phương tiện cùng lúc. Song thực tế hiện đã trở thành cảng tổng hợp, gồm cả vận tải hàng hoá, cảng cá, cảng hành khách... Mọi hoạt động tại đây đều quá tải gấp nhiều lần so với thiết kế. Lưu lượng các loại phương tiện cập cảng bình quân 300-400 phương tiện/ngày, ngày cao điểm lên tới 1.000-1.200 phương tiện. Hành khách qua cảng đi tuyến đảo và ngược lại, trung bình khoảng 600 lượt người/ ngày, ngày cao điểm 4-5.000 lượt người. Ngoài số phương tiện tham gia hoạt động đánh bắt, nuôi trồng hải sản, hiện Vân Đồn có gần 40 tàu chở khách hoạt động tại cảng, 3 tàu hàng ngày chuyên chở trên 300 lượt công nhân đi làm việc ngoài biển... Cảng còn không có nhà chờ, khu vệ sinh và lối đi riêng cho hành khách; các loại xe ô tô, mô tô và người bán hàng luôn chen chúc nhau trên mặt cầu cảng. Vì không có điểm bán vé tập trung, nên mỗi công ty vận chuyển khách lập 1 ki ốt bán vé riêng, làm tăng thêm tình trạng lộn xộn mất TTATGT. Trên địa bàn huyện còn có các bến Ngọc Vừng, Bản Sen, Thắng Lợi, Minh Châu, Quan Lạn, hầu hết đều vi phạm các điều kiện về an toàn giao thông. Nhất là bến khách thuộc xã Quan Lạn, tàu khách ở tuyến này đậu cách bến chính hàng km, hành khách phải xuống các loại đò (không được cấp giấy phép) để chuyển tải vào bờ, nguy cơ tiềm ẩn TNGT thuỷ rất cao. Do biên chế Cảng vụ có hạn, nên mới bố trí cán bộ kiểm soát, điều tiết phương tiện tại cảng Vân Đồn, còn phía đầu các cảng, bến khách ở các đảo thường giao cho UBND các xã quản lý, nên dẫn tới tình trạng tàu chở khách quá tải, chạy không đúng giờ quy định. Trước đây cơ quan quản lý cảng Vân Đồn quy định phân khu vực từng loại phương tiện neo đậu, nhưng hiện nay do số phương tiện hàng ngày vào cảng gấp nhiều lần so với công suất thiết kế, nên việc quy định này không còn khả thi, nhất là vào giờ cao điểm, ngày giông, bão... mạnh ai nấy chen lấn vào cảng. Việc sắp xếp lịch tàu chạy từ cảng Vân Đồn đi các đảo nhiều năm nay do các chủ doanh nghiệp và các cá nhân có tàu vận chuyển hành khách tự thoả thuận, sau đó thông báo lại cho BQL cảng và Cảng vụ để kiểm soát. Điều này dẫn đến mâu thuẫn, khiếu kiện giữa các chủ phương tiện... Điều nữa, trong vùng nước cảng Vân Đồn hiện có tới 30 lồng bè nuôi trồng hải sản và làm dịch vụ ăn uống, 2 cơ sở sửa chữa tàu thuyền, hàng ngày có tới gần 100 lượt đò chở người từ các tầu thuyền ra bè và vào cảng, nên thường xuyên cản trở tàu thuyền ra vào cảng, ảnh hưởng không nhỏ tới TTATGT đường thuỷ nội địa khu vực này.
Huyện Vân Đồn được xác định là một trong những địa phương trọng điểm kinh tế - xã hội của tỉnh, là đầu mối giao thông quan trọng về đường thuỷ. Để TTATGT đường thuỷ nội địa Vân Đồn từng bước đi vào nền nếp, hạn chế tối đa và ngăn chặn, phòng ngừa được TNGT đường thuỷ Vân Đồn phải có cuộc “đại phẫu” toàn diện về giao thông đường thuỷ nội địa nhằm khắc phục những tồn tại hạn chế nêu trên. Điều này cần có thời gian, lộ trình quy hoạch xây dựng hệ thống cảng, bến khách theo đúng quy định; sự quan tâm, giúp đỡ của các ngành chức năng từ Trung ương đến tỉnh, sự đồng lòng, quyết tâm vào cuộc của cấp uỷ, chính quyền, nhân dân địa phương. Trước mắt từ kiến nghị của liên ngành chức năng tỉnh cần thực hiện ngay một số giải pháp tình thế: Sớm bổ sung quy định cụ thể về chức năng hoạt động của BQL cảng Cái Rồng, bến khách tại các xã đảo, đảm bảo phù hợp với thực tế hiện nay. UBND tỉnh cho thành lập BQL cảng Vân Đồn trên cơ sở quy chế phối hợp hoạt động với các cơ quan chức năng quản lý Nhà nước về giao thông đường thuỷ nội địa. Mở rộng vùng nước cảng Cái Rồng, có quy định cụ thể vùng nước neo đậu của từng loại phương tiện để làm cơ sở quản lý. Bổ sung hệ thống phao neo tàu và phao giới hạn vùng nước, quy định vùng neo đậu tàu, tổ chức bán vé tập trung và triển khai việc cấp giấy phép cho tàu vào cảng. Di chuyển các nhà bè và cơ sở sửa chữa phương tiện ở 2 đầu cảng ra khỏi vùng nước cảng Vân Đồn; quy hoạch vị trí đỗ xe tại cảng, nghiêm cấm không cho các phương tiện vận chuyển hàng hoá và người, tư thương bán hàng hoạt động trong cầu cảng. Nạo vét luồng tuyến từ khu Ba Sao vào bến Quan Lạn để tránh tình trạng chuyển tải khách trong những ngày thuỷ triều cạn v.v...