Ngày 29-9, Hội đồng kỷ luật Bộ Giáo dục và Đào tạo đã họp và đi đến thống nhất thông qua bỏ phiếu kín đề nghị Bộ trưởng Nguyễn Thiện Nhân cảnh cáo, miễn nhiệm chức vụ Trưởng phòng Tổng hợp, bố trí công tác khác đối với bà Đào Thị Bình.
Hội đồng kỷ luật do Thứ trưởng Nguyễn Văn Vọng làm Chủ tịch và 4 thành viên khác là: bà Nguyễn Thị Bích Thái , Phó Chủ tịch Công đoàn Bộ Giáo dục Đào tạo; Văn Đình Ưng, Phó Chánh văn phòng; Lê Văn Học, Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ và Phạm Đỗ Nhật Tiến, chuyên viên cao cấp phòng tổng hợp. Ông Nguyễn Văn Vui, Chuyên viên Vụ Tổ chức cán bộ được cử làm Thư ký Hội đồng Kỷ luật. 3 khách mời khác cùng được mời dự họp là: ông Nguyễn Quốc Anh, Chánh Văn phòng; Lê Quán Tần, Phó Bí thư Đảng ủy Bộ và ông Hoàng Gia Khiêm, Phó Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ, người phát hiện ra hành vi tiêu cực trong kỳ thi tuyển công chức ngày 9-9-2006.
Kết quả bỏ phiếu: 4 thành viên Hội đồng kỷ luật đề nghị cảnh cáo và 1 thành viên đề nghị cách chức bà Đào Thi Bình. Tổng hợp các ý kiến Hội đồng kỷ luật đi đến thống nhất đề nghị cảnh cáo bà Đào Thị Bình theo Nghị định 35/CP về xử lý cán bộ công chức vi phạm. Đồng thời do việc làm của bà Đào Thị Bình đã làm mất uy tín nghiêm trọng đối với cơ quan Bộ Giáo dục Đào tạo, nhất là trong thời điểm toàn ngành đang nỗ lực triển khai cuộc vận động “Nói không với tiêu cực trong thi cử” nên Hội đồng kỷ luật quyết định đề nghị Bộ trưởng miễn nhiệm chức vụ trưởng phòng, chuyển công tác khác theo Quyết định 27 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành quy chế bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, luân chuyển, từ chức, miễn nhiệm cán bộ, công chức lãnh đạo..
Phát biểu với các cơ quan báo chí, Thứ trưởng Nguyễn Văn Vọng đánh giá: Đồng chí Đào Thị Bình thiếu tinh thần trách nhiệm trách nhiệm trong khi thi hành công vụ, gây hậu quả tương đối nghiêm trọng. Đồng chí Bình được giao giữ toàn bộ những đề xuất các nội dung sát hạch cho các thí sinh dự tuyển và văn phòng và trực tiếp ra đề kiểm tra chuyên môn cho các thí sinh dự tuyển vào phòng tổng hợp. Sáng 9/9, đồng chí Bình đến cơ quan làm việc trong đó có làm nhiệm vụ ra đề kiểm tra chuyên môn cho thí sinh vào phòng tổng hợp đã để cho người quen cũ và 2 thí sinh dự tuyển vào phòng làm việc trước giờ thi, và để xảy ra việc 2 thí sinh vào phòng làm việc trong giờ thi. Người quen cũ sau đó được xác minh là giáo viên tiếng Anh. Hai thí sinh đó, một người là em ruột đồng chí Bình, một người là em rể giáo viên tiếng Anh. Hai thí sinh này đã bị lập biên bản vi phạm quy chế tuyển dụng công chức. Đồng chí Bình có em ruột dự thi vào văn phòng, được cử làm ủy viên và thư ký Ban khảo sát chuyên môn Văn phòng nhưng đã không báo cáo Thứ trưởng, Chủ tịch Hội đồng tuyển dụng công chức cơ quan Bộ. Trong quá trình tường trình, kiểm điểm thể hiện không thành khẩn, không nhất quán. Đồng chí đã thể hiện sự yếu kém trong nhận thức về một nhiệm vụ quan trọng của toàn ngành là chống tiêu cực, xây dựng trật tự, kỷ cương, xem đây là nhiệm vụ có tính đột phá để làm cơ sở thực hiện các nhiệm vụ khác của ngành. Trong 4 lần làm tường trình và kiểm điểm đều không tự giác nhận bất kỳ hình thức kỷ luật nào.
Thứ trưởng Nguyễn Văn Vọng cũng khẳng định: Chưa có căn cứ để kết luận sự việc vi phạm quy chế thi xảy ra tại phòng làm việc của đồng chí Bình là được sắp xếp có tổ chức trước 9-9-2006.