Tháng 6-2006, khi Viện Tài nguyên và Môi trường biển cùng các nhà khoa học Việt Nam khảo sát hiện trạng loài và rạn san hô tại vịnh Hạ Long, Bái Tử Long và Cô Tô (nơi gồm 15 đảo nhỏ và ba đảo lớn: Cô Tô lớn, Thanh Lân và Cô Tô con) đã phát hiện san hô đã gần như không còn nữa.
Theo tiến sĩ Nguyễn Huy Yết, Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam (Viện KH-CN) và một số nhà khoa học, san hô ở vịnh Hạ Long chết chủ yếu do một số nguyên nhân sau: môi trường nước đang bị ô nhiễm nghiêm trọng do sự phát triển du lịch thái quá, không theo quy hoạch, đặc biệt là hoạt động lữ hành và lưu trú của các con tàu du lịch trên biển cũng như sự phát triển ồ ạt các khu đô thị, nhà hàng, sự xuất hiện các bãi tắm và khu công nghiệp, khai thác than, quặng, bến cảng ở quanh bờ vịnh... đã khiến vịnh Hạ Long nhanh chóng bị “nhiễm bệnh”. Bên cạnh đó, việc lấn biển để xây khu đô thị mới, khu du lịch; việc người dân tự phát phá rừng phòng hộ, phá rừng ngập mặn làm đầm nuôi tôm, đã làm mất “cái bẫy” chặn phù sa đổ từ thượng nguồn ra vịnh. Những yếu tố trên làm nước đục khiến san hô không thể quang hợp được và chết dần. Về trường hợp san hô chết tại quần đảo Cô Tô, các nhà khoa học chưa đưa ra bất cứ một kết luận nào.
Theo thông tin mới nhất của Viện Tài nguyên và Môi trường biển (Viện KH&CN Việt Nam), hiện nay các nhà khoa học biển vẫn chưa có đủ cơ sở khoa học để khẳng định nguyên nhân gây chết hàng loạt các rạn san hô tại quần đảo Cô Tô. Tuy nhiên, theo tính toán của các nhà khoa học thì có thể do một số nguyên nhân sau: Sự ngọt hoá và đục hoá tại vùng biển Cô Tô- Thanh Lân đã cản trở sự quang hợp của tảo cộng sinh trong san hô; hiệu ứng El Nino làm tăng nhiệt độ của nước biển; ảnh hưởng của các chất độc Cyanua do ngư dân sử dụng để đánh bắt hải sản. Tất nhiên, việc khai thác đánh bắt cá quá mức quy định trên các rạn san hô cũng là một trong những nguyên nhân được các nhà khoa học đưa ra để giải thích cho hiện tượng này.
