Năm 2009 công tác thuế gặp nhiều khó khăn. Biểu hiện cụ thể nhất là việc triển khai thực hiện Nghị quyết 30 của Chính phủ góp phần ngăn chặn suy giảm kinh tế nhưng tác động đến nhiệm vụ thu ngân sách khi hàng loạt chính sách miễn, giảm, gia hạn nộp thuế, phí, lệ phí được triển khai thực hiện. Bên cạnh đó, do suy giảm kinh tế, hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp nhìn chung đều bị sụt giảm, nhiều ngành sản xuất bị thu hẹp, thị trường bất động sản trầm lắng...
Mặc dù vậy, công tác quản lý, điều hành thu ngân sách nhà nước năm 2009 đã được ngành Thuế thực hiện tốt. Tổng thu ngân sách (phần thu nội địa) năm 2009 trên địa bàn đạt 5.780 tỷ đồng, đạt 124% dự toán tỉnh giao. 14/17 khoản thu, sắc thuế đạt 100% dự toán; trong đó 13 khoản thu, sắc thuế tăng trưởng so với năm 2008.
Kết quả thực hiện dự toán theo đơn vị thu ở cơ quan Cục Thuế đạt 119,8% dự toán tỉnh giao, tăng 31,8% so với năm 2008. 14 Chi cục Thuế đều hoàn thành và hoàn thành vượt mức dự toán tỉnh giao. 6/14 Chi cục Thuế có tốc độ tăng trưởng trên 20% so với cùng kỳ. Về thuế ngoài quốc doanh, 12/14 Chi cục hoàn thành dự toán và tăng trưởng so với năm 2008. Để đạt được kết quả trên, các mặt công tác của ngành Thuế đã được chú trọng triển khai toàn diện. Công tác tuyên truyền và hỗ trợ người nộp thuế thường xuyên được đẩy mạnh, đổi mới. Cùng với việc tuyên truyền trên các phương tiện thông tin đại chúng, ngành Thuế đã cấp phát miễn phí 36.512 ấn phẩm tuyên truyền; 1.373 đĩa CD phần mềm hỗ trợ kê khai thuế theo công nghệ mã vạch 2 chiều... Trong năm 2009, 3.042 lượt người nộp thuế được hỗ trợ tại cơ quan thuế; 3.253 lượt người được hỗ trợ qua điện thoại, trả lời 296 văn bản về chính sách thuế, tổ chức 56 cuộc tập huấn chính sách mới về thuế... Đi đôi với nhiệm vụ này, các biện pháp quản lý kê khai và hoàn thuế GTGT được tăng cường. Ngành Thuế đã tiếp nhận, giải quyết cấp mới 178.970 mã số thuế các loại. Tính đến 31-12-2009, ngành Thuế Quảng Ninh đang quản lý thu thuế, phí lệ phí đối với 31.713 đối tượng, tăng 2.027 đối tượng so với cùng thời điểm năm 2008. Công tác quản lý, giám sát kê khai thuế ngày càng chặt chẽ và tạo được những chuyển biến tích cực. Năm 2009, số lượng tờ khai phải nộp toàn ngành là 77.339, số tờ khai đã nộp là 75.882 trong đó số tờ khai nộp đúng hạn chiếm 92,7%. Số tờ khai bị lỗi, thiếu, có sai sót giảm 20% so với năm trước. Công tác hoàn thuế được thực hiện nhanh chóng, kịp thời, đúng quy định. Cụ thể, đã giải quyết hoàn thuế cho 330 hồ sơ với tổng số tiền 1.142,8 tỷ đồng.
Định kỳ hàng tháng, ngành Thuế đã duy trì tốt việc phân tích, làm rõ nguyên nhân tăng số nợ đọng thuế để có biện pháp xử lý phù hợp. Việc giao chỉ tiêu thu nợ thuế cho các đơn vị được phân định rõ theo 2 mốc. Đối với nợ thuế đến thời điểm 31-21-2008, chỉ tiêu thu nợ là 115,329 tỷ đồng trong đó có 70% nợ có khả năng thu và 20% nợ khó thu, chờ xử lý. Tính đến 31-11-2009 số nợ đã thu và xử lý là 142,941 tỷ đồng đạt 123,9% chỉ tiêu Tổng cục Thuế giao. Đối với nợ thuế năm 2009, tổng số nợ tính đến 30-11-2009 là 334, 447 tỷ đồng, trong đó có 8 địa phương có số nợ đạt chỉ tiêu đặt ra (dưới 5%) so với thực hiện năm 2009. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế được chú trọng nâng cao chất lượng. Đối với doanh nghiệp, trong năm 2009, ngành Thuế đã thực hiện thanh tra, kiểm tra tại cơ quan thuế 27.720 hồ sơ, trong đó 21.480 hồ sơ được chấp nhận đạt tỷ lệ 94,5%. Kiểm tra tại cơ sở người nộp thuế, đã phạt hành chính hơn 9 tỷ đồng; thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế 375 hồ sơ, số thuế phát hiện hoàn chưa đúng phải thu hồi hơn 3 tỷ đồng.
Các biện pháp nghiệp vụ thuế được tập trung vào 2 lĩnh vực lớn là quản lý thu thuế ngoài quốc doanh và khoản thu về đất đai. Theo đó, công tác quản lý hộ kinh doanh được đẩy mạnh, chống thất thu thuế trên các lĩnh vực, đảm bảo 100% hộ có hoạt động kinh doanh đều được đưa vào quản lý thu thuế. Để giải quyết vướng mắc việc nộp tiền sử dụng đất của các dự án trên địa bàn tỉnh, từ tháng 9-2009, ngành Thuế đã làm việc với các chủ đầu tư xác định số tiền phạt chậm nộp tiền sử dụng đất của từng dự án để tỉnh chỉ đạo xử lý.
Từ đầu năm 2009, Luật thuế thu nhập cá nhân có hiệu lực. Đây là một chính sách thuế mới, có phạm vi điều chỉnh rộng, có tác động lớn trong đời sống. Do vậy, quá trình triển khai, ngành Thuế đã chú trọng việc hướng dẫn, trả lời vướng mắc với 910 lượt qua điện thoại, trả lời trực tiếp tại cơ quan thuế cho 145 lượt... Năm 2009, đã cấp 177.214 thẻ mã số thuế cá nhân. Hiện, tổng số cá nhân đã được cấp thẻ mã số thuế cá nhân (không bao gồm hộ cá thể đã được cấp mã số thuế và lực lượng vũ trang) trên địa bàn tỉnh đến 31-21-2009 là 205.071 người, đạt 80% trên tổng số phải cấp.
Nhìn lại những kết quả trên cho thấy, năm 2009, toàn ngành Thuế đã có sự cố gắng nỗ lực hoàn thành nhiệm vụ được giao, đóng góp tích cực vào sự phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh.