Từ năm 2003 đến nay sản lượng than do các đơn vị thành viên của TKV khai thác ngày càng tăng cao.
Năm 2006 sản lượng than khai thác đạt 36,8 triệu tấn vượt so với quy hoạch được Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 20/2003/QĐ-TTg đến năm 2020 Quảng Ninh là 33 triệu tấn. Riêng than khai thác lộ thiên chiếm 63-65% tổng sản lượng, tăng từ 9,5 triệu tấn (năm 2001) lên 24,467 triệu tấn (năm 2006). Hiện trên địa bàn tỉnh có 5 mỏ lộ thiên có công suất khoảng 3 triệu tấn than nguyên khai/năm và 15 đơn vị, công trường có quy mô vừa với công suất từ 100.000-700.000 tấn than nguyên khai/năm. Hoạt động sàng tuyển than hiện nay do 2 công ty sàng tuyển lớn được xây dựng gắn với các cảng xuất than lớn tại Cửa Ông và Nam Cầu Trắng. Sản lượng than được sàng tuyển năm 2005-2006 tại các nhà sàng đạt khoảng 12,5-13,5 triệu tấn, chiếm khoảng 40% tổng sản lượng than nguyên khai. Ngoài ra tại các đơn vị khai khác đều tổ chức sàng tuyển bằng máy sàng khô.
Cảng xuất than của Công ty Than Hà Tu tại phường Hà Khánh (TP Hạ Long) được xây dựng sơ sài làm ảnh hưởng đến môi trường.
Sản lượng khai thác than tăng nhanh như vậy đang tạo ra sức ép lớn đối với môi trường. Những biến đổi mạnh nhất diễn ra chủ yếu ở các khu vực có khai thác than lộ thiên. Các bãi đổ thải đã tạo ra những quả đồi có độ cao từ 150-280m. Điển hình như bãi thải ở Cọc Sáu cao 280m, Nam Đèo Nai 200m, Đông Cao Sơn 250m, Đông Bắc Bàng Nâu 150m và Núi Béo cao 240m, những bãi thải này thường có sườn dốc tới 35 độ. Nhiều moong khai thác lộ thiên tạo nên địa hình âm có độ sâu từ -50 đến -150m dưới mực nước biển. Những bãi thải này còn là nguy cơ gây nên sạt lở phá huỷ nhà cửa và các công trình công cộng. Điển hình như vụ vỡ đập Khe Rè vào tháng 7-2006 hay lũ tích gây vỡ đường 337 vào tháng 6-2005. Cùng với đó là sự suy thoái rừng tự nhiên, hiện nay tỷ lệ che phủ rừng trên toàn tỉnh bị suy giảm do hoạt động khoáng sản phải chặt phá cây tạo mặt bằng sản xuất, đổ đất đá thải, làm đường vận chuyển... Rừng tự nhiên bị giảm mạnh nhất tại các khu vực có khai thác lộ thiên, có nơi tới 70-80% như phía Bắc TP Hạ Long và TX Cẩm Phả. Hiện nay ở TP Hạ Long đất rừng chỉ chiếm khoảng 15%; khu vực Cẩm Phả chỉ còn rừng nguyên sinh trên núi đá vôi ở Quang Hanh. Tình trạng tương tự xảy ra với vùng Đông Triều - Mạo Khê - Uông Bí, đây là những nơi trước kia vốn có nhiều rừng nguyên sinh. Hiện tượng xói mòn, sạt lở đất xảy ra phổ biến trên các khai trường khai thác than sét và trên các tuyến đường vận chuyển và đặc biệt tại các bãi đổ thải. Môi trường không khí tại các khu vực khai thác khoáng sản và lân cận thường xuyên bị ô nhiễm do bụi, khí độc, khí nổ và tiếng ồn. Theo kết quả quan trắc môi trường năm 2005 do TKV thực hiện cho thấy hàm lượng bụi tại các cảng Cửa Ông, Cao Sơn, Đá Bàn, Khe Dây đều vượt tiêu chuẩn cho phép (TCCP). Trên một số tuyến đường vận chuyển than qua khu vực Đông Triều và Uông Bí (ngã ba đường 18A vào khu Tràng Bạch, Điền Công, mỏ Mạo Khê) hàm lượng bụi tới 0,6 - 0,7mg/m3 vượt trên 2 lần so với TCCP. Tại hầu hết các khu vực có hoạt động khai thác khoáng sản, độ ồn đều vượt tiêu chuẩn cho phép, nhiều nơi tới 80-100dBA trong khi TCCP là 75 dBA. Môi trường nước ở các khu vực có khai thác khoáng sản bị ô nhiễm nặng. Nhiều nhánh sông, suối, hồ, đập bị bồi lấp, mất nguồn sinh thuỷ và suy giảm nghiêm trọng chất lượng nước, gây đục nguồn nước cấp cho sinh hoạt như nguồn nước Lán Tháp (Uông Bí), Đồng Ho (Hoành Bồ), các sông Vàng Danh, Diễn Vọng, Mông Dương. Chất lượng nước thay đổi làm ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống các sinh vật thuỷ sinh và đa dạng sinh học các khu vực cửa sông, ven biển. Nhiều khu vực tập trung dân cư tại Mạo Khê, Vàng Danh, Hà Khẩu, Cao Xanh, Hà Khánh, Hà Lầm, Hà Phong và toàn bộ TX Cẩm Phả chịu tác động mạnh do nguồn gây ô nhiễm từ các hoạt động khai thác khoáng sản, ảnh hưởng nghiêm trọng đến sức khoẻ và đời sống nhân dân.
Trong khi đó, công tác quản lý tài nguyên và BVMT của các đơn vị hoạt động khoáng sản còn nhiều bất cập. Năm 2006 và đầu năm 2007, Sở Tài nguyên và Môi trường đã kiểm tra 111 khu vực khai thác than, kết quả kiểm tra cho thấy nhiều mỏ đã khai thác vượt công suất thiết kế nhiều lần. Các mỏ lộ thiên như Cao Sơn, Cọc Sáu, Đèo Nai, Hà Tu, Núi Béo có sản lượng khai thác khoảng 3 triệu tấn/năm nhưng không có thiết kế mỏ. Có đơn vị tự mở rộng diện tích được thuê khi chưa có quyết định cho thuê đất bổ sung như Công ty Than Hà Tu (vượt 538,53ha), Công ty Than Hòn Gai (vượt 184ha).
Để quản lý tài nguyên và bảo vệ môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản, các đơn vị khai thác khoáng sản phải chấp hành đúng các quy định của Nhà nước. Đồng thời phải hoàn tất các thủ tục pháp lý về khai thác mỏ, quản lý sử dụng đất đai và BVMT; tăng cường áp dụng công nghệ thân thiện với môi trường, xử lý tái chế chất thải. Có như vậy mới hạn chế được ô nhiễm môi trường trong hoạt động khai thác khoáng sản trên địa bàn tỉnh.