Trong các ngày 18-9-2006 và 9-11-2006, UBND tỉnh Quảng Ninh đã có các quyết định số 2792 và 3484 do Chủ tịch UBND tỉnh Vũ Nguyên Nhiệm ký, về việc chuyển giao chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về đầu tư nước ngoài từ Ban Quản lý các khu công nghiệp và Đầu tư nước ngoài về Sở Kế hoạch và Đầu tư từ ngày 1-10-2006 (QĐ 2792) và đổi tên Ban Quản lý các Khu công nghiệp và Đầu tư nước ngoài tỉnh Quảng Ninh thành Ban Quản lý các khu công nghiệp Quảng Ninh từ ngày 19-11-2006 (QĐ 3484).
Theo đó, toàn bộ chức năng, nhiệm vụ quản lý nhà nước về đầu tư nước ngoài ngoài phạm vi quản lý của các khu công nghiệp, hồ sơ tài liệu liên quan và cán bộ, công chức đang thực hiện công tác theo dõi, quản lý về đầu tư nước ngoài được BQLCKCNVĐTNN chuyển giao cho Sở KH-ĐT tiếp nhận và quản lý. Ban Quản lý các khu công nghiệp Quảng Ninh là cơ quan trực thuộc UBND tỉnh Quảng Ninh có chức năng quản lý các hoạt động đầu tư, gồm cả đầu tư trong nước và đầu tư nước ngoài vào các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh. Trụ sở cơ quan vẫn đóng tại địa chỉ hiện tại.
