Khởi đầu mùa giải không mấy suôn sẻ khi thất bại trước Ninh Bình với tỷ số 0-2 ngay trên sân nhà, nhưng ở vòng đấu thứ 2, Than Quảng Ninh đã chứng tỏ vòng 1 chỉ là một "tai nạn" nhỏ, khi đánh bại Hà Nội ACB bằng đúp bàn thắng của tân binh Eduardo (27).
Đến làm khách tại Hà Nội, ngày 14/2, với tâm lý không tốt khi lượt đầu tiên thất bại, nhưng ở trận này các cầu thủ Than Quảng Ninh đã cho thấy mình không phải là đối thủ dễ "bắt nạt".
Hai đội chơi kiên cường, "ăn miếng, trả miếng" đến phút thứ 80, Than Quảng Ninh bất ngờ mở tỷ số bằng pha lập công của Eduardo. Tuy nhiên, chỉ sau đó 4 phút, Kolan (29) mang về bàn thắng cân bằng tỷ số cho Hà Nội ACB.
Trận đấu được quyết định khi ở những phút bù giờ Eduardo (27) Than Quảng Ninh bị phạm lỗi trong vòng cấm và cũng chính cầu thủ này thực hiện thành công quả penalty đem chiến thắng 2-1 về cho Than Quảng Ninh.
Sau vòng 2, Than Quảng Ninh có 3 điểm, đang tạm xếp ở vị trí thứ 8 trên bảng tổng sắp.
Kết quả vòng 2:
| Giờ | Sân | Trận | Kết quả |
| 15h00 | Quảng Nam | Quảng Nam - Quảng Ngãi | 1 - 1 |
| 15h30 | Đồng Nai | Đồng Nai - An Giang | 2 - 0 |
| 15h30 | Cần Thơ | Cần Thơ - Tiền Giang | 0 - 0 |
| 16h00 | Quy Nhơn | Bình Định - H.Huế | 0 - 0 |
| 16h00 | Ninh Bình | XM.NB - HP.HN | 0 - 0 |
| 16h00 | Hàng Đẫy | HN.ACB - Than.QN | 1 - 2 |
| 17h00 | Thống Nhất | Sài Gòn UTD - Tây Ninh | 1 - 2 |
| BXH vòng 2 giải HNQG 2009 ngày 14/2 | ||||||||
| XH | Tên đội | ST | T | H | B | Điểm | BT | BB |
| 1 | Tây Ninh | 2 | 2 | 0 | 0 | 6 | 5 | 3 |
| 2 | Bình Định | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 2 | 0 |
| 3 | H.Huế | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 2 | 0 |
| 4 | XM.NB | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 2 | 0 |
| 5 | Cần Thơ | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 1 | 0 |
| 6 | Tiền Giang | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 1 | 0 |
| 7 | B.Đồng Nai | 2 | 1 | 0 | 1 | 3 | 2 | 2 |
| 8 | Than.QN | 2 | 1 | 0 | 1 | 3 | 2 | 3 |
| 9 | HP.HN | 2 | 0 | 2 | 0 | 2 | 1 | 1 |
| 10 | HN.ACB | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 2 | 3 |
| 11 | Quảng Nam | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 |
| 12 | Quảng Ngãi | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 | 3 |
| 13 | Sài Gòn Utd | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 1 | 3 |
| 14 | An Giang | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 0 | 3 |
