Hai chi nhánh cung ứng tàu biển Cửa Ông và Hòn Gai thuộc Công ty Cung ứng tàu biển Quảng Ninh, là đơn vị hạch toán theo hình thức báo sổ.
Đầu năm 2006, Giám đốc Công ty Cung ứng tàu biển Quảng Ninh đã ký 5 quyết định uỷ quyền cho Nguyễn Văn Huấn (Giám đốc Chi nhánh Cửa ông) và Đỗ Thanh Yên (Giám đốc Chi nhánh Hòn Gai) được trực tiếp ký các hợp đồng mua, xuất khẩu than theo đường tiểu ngạch sang Trung Quốc. Quá trình triển khai nhiệm vụ, trưởng 2 chi nhánh không thực hiện theo như quyết định của Giám đốc Công ty.
Trái lại, Huấn và Yên đã giao cho Đàm Quang Vỹ, Nguyễn Văn Đạt thay mặt 2 chi nhánh trực tiếp mua, xuất khẩu than qua đường tiểu ngạch sang Trung Quốc, với thoả thuận là Vỹ và Đạt phải lo “Nguồn than, cung cấp các hợp đồng bán than, hoá đơn GTGT, phiếu thu tiền, giấy phép đăng ký kinh doanh, mã số thuế của các doanh nghiệp trong nước ghi bán than cho chi nhánh, trả tiền mua hoá đơn GTGT, đưa tiền để 2 chi nhánh nộp thuế xuất khẩu và các lệ phí khác, tìm đối tác và lấy hợp đồng ngoại thương để giám đốc chi nhánh Cửa ông, Hòn Gai ký bán than cho các công ty của Trung Quốc”. Còn 2 chi nhánh Cửa Ông, Hòn Gai chịu trách nhiệm “Tiếp nhận và ký vào các hợp đồng, hoá đơn GTGT... do Vỹ, Đạt cung cấp, xuất hoá đơn GTGT của chi nhánh, mở tờ khai hải quan, hợp đồng và lấy chứng thư giám định than. Hoàn tất hồ sơ, thủ tục xuất khẩu, rồi đưa cho Vỹ, Đạt để chuyển cho các thuyền trưởng làm thủ tục xuất khẩu than qua cửa khẩu Vạn Gia sang Trung Quốc. Chi nhánh được hưởng 5% tiền hoàn thuế GTGT”.
Thực hiện sự thoả thuận trên, từ năm 2006 đến năm 2008, Đàm Quang Vỹ đã đưa các hợp đồng, hoá đơn GTGT... cho Chi nhánh Cửa Ông để Nguyễn Văn Huấn và 5 cán bộ của Chi nhánh thực hiện ký 36 hợp đồng mua gần 1,1 triệu tấn than khống của 29 doanh nghiệp, thể hiện ở 1.446 hoá đơn GTGT; ký 9 hợp đồng vận chuyển than khống với 8 doanh nghiệp, thể hiện ở 41 hoá đơn GTGT; ký 5 hợp đồng giám định chất lượng than với 3 công ty giám định. Sau khi hoàn tất các thủ tục nói trên, Huấn và đồng bọn đã bán gần 1,1 triệu tấn than cho 2 công ty của Trung Quốc với số tiền 327,236 tỷ đồng.
Từ tháng 10-2006 đến tháng 11-2007, Nguyễn Văn Đạt đã đưa cho Đỗ Thanh Yên, Giám đốc Chi nhánh Hòn Gai cùng 5 cán bộ của Chi nhánh tiến hành ký 17 hợp đồng mua trên 607 nghìn tấn than khống của 12 doanh nghiệp, thể hiện ở 869 hoá đơn GTGT; ký hợp đồng vận chuyển than với 11 công ty, thể hiện ở 53 hoá đơn GTGT; ký 5 hợp đồng giám định than với 3 doanh nghiệp, ký 4 hợp đồng xuất 878 hoá đơn GTGT. Sau khi hoàn tất các thủ tục trên, Đỗ Thanh Yên và đồng bọn đã bán trên 607 nghìn tấn than cho 3 công ty của Trung Quốc với số tiền 171,197 tỷ đồng.
Để hợp thức hoá việc thanh toán tiền giữa chi nhánh Cửa Ông, Hòn Gai với các công ty của Trung Quốc, làm cơ sở lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT, hai đối tượng Nguyễn Văn Huấn và Đỗ Thành Yên đã chỉ đạo cán bộ dưới quyền ứng 498,433 tỷ đồng (Chi nhánh Cửa Ông là 328,236 tỷ đồng, Chi nhánh Hòn Gai là 171,197 tỷ đồng) rồi làm thủ tục chuyển tiền sang các chi nhánh ngân hàng tại TX Đông Hưng (Trung Quốc). Sau đó các chi nhánh ngân hàng này làm thủ tục chuyển lại toàn bộ số tiền trên cho Chi nhánh Cửa Ông, Hòn Gai qua các tài khoản của 2 chi nhánh tại Ngân hàng Công thương Quảng Ninh.
Sau khi có được 2 bộ hồ sơ được hợp thức hoá số lượng than đã mua, xuất khẩu, 2 chi nhánh Cửa Ông, Hòn Gai gửi 2 bộ hồ sơ đó đến Cục Thuế tỉnh và xin hoàn thuế GTGT, với số tiền 17,196 tỷ đồng. Cục Thuế tỉnh đã chuyển số tiền này vào tài khoản của Công ty Cung ứng tàu biển Quảng Ninh tại Ngân hàng Công thương Quảng Ninh. Đây là số tiền được hoàn thuế khống (Chi nhánh Cửa Ông 11,839 tỷ đồng, Chi nhánh Hòn Gai 5,356 tỷ đồng). Số tiền trên, Công ty đã giữ lại 10,079 tỷ đồng, chuyển cho Chi nhánh Cửa Ông 5,3 tỷ đồng, Chi nhánh Hòn Gai 3,515 tỷ đồng dùng để chi tiêu chung và chia cho một số cá nhân.
Ngay sau khi vụ án bị phát hiện, Công ty Cung ứng tàu biển Quảng Ninh đã nộp lại cho cơ quan điều tra 4 tỷ đồng. Tại bản cáo trạng số 02 ngày 29-3-2010 của Viện KSND Tối cao đã truy tố Nguyễn Văn Huấn và Đỗ Thanh Yên cùng 10 cán bộ, nhân viên của 2 Chi nhánh Hòn Gai và Cửa Ông phạm tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Liên quan đến vụ án còn có 14 bị cáo nguyên là giám đốc, nhân viên các doanh nghiệp tiếp tay phạm tội “Mua bán trái phép hoá đơn” 4 bị cáo khác (nguyên là các giám định viên) phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Riêng Đàm Quang Vỹ và Nguyễn Văn Đạt hiện bỏ trốn, Cơ quan điều tra đang có lệnh truy nã. Các cơ quan tiến hành tố tụng của tỉnh đang khẩn trương hoàn thiện hồ sơ để đưa vụ án ra xét xử một ngày gần đây.