Theo báo cáo tổng hợp của Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch, năm 2009, trong tổng số 4,8 triệu lượt khách du lịch đến Quảng Ninh, có đến 2,36 triệu lượt khách tham quan Vịnh Hạ Long, với 103.000 lượt chuyến tàu xuất bến, trong đó tàu lưu trú đạt 17.000 lượt tàu, số khách đạt 233.000 lượt (khách quốc tế đạt 203.450 lượt).
Điều này, một lần nữa khẳng định nhu cầu tham quan Vịnh Hạ Long có chiều hướng phát triển khá ổn định, ngày càng thu hút khách du lịch trong nước và thế giới. Đây cũng chính là động lực quan trọng góp phần thúc đẩy sự phát triển của du lịch Quảng Ninh. Thế nhưng, bên cạnh đó, hoạt động tàu du lịch trên Vịnh Hạ Long vẫn còn nhiều điều bất cập.
Tính đến thời điểm hiện nay, trên Vịnh Hạ Long có khoảng 475 tàu du lịch đạt tiêu chuẩn S1, với tổng trọng tải là 18.600 chỗ ngồi. Riêng tàu có lưu trú qua đêm trên Vịnh là 154 chiếc với nhiều cấp loại đảm bảo yêu cầu về giao thông trên biển. Các tàu du lịch hoạt động theo 8 tuyến tham quan trên Vịnh Hạ Long và các vùng phụ cận đến Cẩm Phả, Vân Đồn và đảo Cát Bà (Hải Phòng). Các tuyến tham quan chính tập trung tại vùng lõi của Vịnh Hạ Long. Đối với các tàu lưu trú tập trung neo đậu ở 6 khu vực: Hòn 690 - Lạch đầu Xuôi - hòn Lờm Bò, Hang Trinh Nữ - hang Luồn, Hang Trinh Nữ - hang Trống... Trên địa bàn tỉnh có 7 cảng, bến tổ chức trả khách thăm Vịnh Hạ Long đó là cảng tàu du lịch Bãi Cháy, Cảng Tuần Châu, Bến tàu khách thuộc cảng Hòn Gai Vinashin, Bến tàu khách Hòn Gai, Cầu tàu Sài Gòn Tourist, Bến Hoàng Gia, Bến Bãi Cháy. Tuy nhiên, việc tăng trưởng các hoạt động đưa đón khách trên Vịnh Hạ Long cũng đã nảy sinh không ít điều phải quan tâm. Điều đáng nói, hiện nay, công tác quản lý nhà nước, các văn bản pháp luật, cơ sở vật chất, hạ tầng cảng bến phục vụ tàu du lịch trên Vịnh còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển. Mặc dù, Luật Du lịch được ban hành từ tháng 6-2005, trong đó có quy định về kinh doanh vận chuyển khách du lịch, nhưng đến nay sau 6 năm luật có hiệu lực, các cơ quan chức năng vẫn chưa ban hành được các quy định về quản lý và tiêu chuẩn cơ bản của phương tiện vận chuyển khách nên công tác xây dựng văn bản pháp luật ở địa phương gặp nhiều khó khăn. Mặt khác, hoạt động kinh doanh vận chuyển khách du lịch trên Vịnh Hạ Long và quy định quản lý hoạt động này có tính chất phức tạp liên quan đến nhiều lĩnh vực và căn cứ vào nhiều văn bản pháp luật như: Luật Giao thông đường thủy nội địa, Luật Du lịch, Luật Phòng cháy chữa cháy, Luật Môi trường... Trong khi đó hoạt động vận chuyển khách du lịch trên Vịnh Hạ Long có nhiều đặc thù riêng không được các văn bản pháp luật quy định cụ thể hoặc không đề cập. Thêm nữa, một điều không thể không nói đến đó là về thực trạng hoạt động của hệ thống cảng, bến tàu du lịch. Trên địa bàn có 7 cảng, bến tổ chức đón trả khách du lịch thăm Vịnh Hạ Long, trong đó có cảng chính là Cảng tàu du lịch Bãi Cháy đang rơi vào tình trạng quá tải, xuống cấp nghiêm trọng. Hiện tại bình quân có 420 tàu hoạt động thường xuyên tại cảng. Thế nhưng vào những ngày cao điểm, lượng khách đông, chẳng hạn như ngày mồng 4 Tết Canh Dần vừa qua, lượng khách lên tới con số 7.500 khách/ngày, 400 chuyến tàu xuất bến. Với lượng khách tăng đột biến vào thời điểm ngắn như thế trong ngày sẽ dẫn đến tình trạng quá tải cục bộ tại cảng. Không những thế, sau một thời gian dài hoạt động, tại cảng đã xuất hiện hiện tượng bồi lắng một số điểm trong vùng nước cảng. Việc bồi lắng này đã gây khan cạn đặc biệt trong những ngày thủy triều thấp làm ảnh hưởng đến hoạt động của tàu thuyền. Cùng với đó, các điểm đỗ tham quan trên Vịnh Hạ Long do Ban quản lý Vịnh đầu tư, quản lý điều hành, về thực trạng hạ tầng tại các điểm đã xuống cấp, hư hỏng, đã quá tải so với nhu cầu khách thăm Vịnh hiện nay. Tại các điểm hầu như chưa có cán bộ điều hành trực tiếp các phương tiện thường tự cập cầu tàu đón, trả khách, gây tình trạng ùn tắc, không đảm bảo an toàn giao thông, an ninh trật tự, đặc biệt vào những lúc cao điểm. Riêng đối với tàu nghỉ đêm trên Vịnh, thực tế hiện nay chưa có sự thống nhất giữa cơ quan cấp giấy phép rời cảng và cơ quan quản lý trực tiếp tại điểm đỗ tàu du lịch nghỉ đêm trực thuộc Ban Quản lý Vịnh Hạ Long dẫn đến hiện tượng có những ngày cao điểm tại các điểm nghỉ số tàu lưu trú vượt quá quy định công suất tại mỗi điểm. Hơn nữa, công tác quản lý, điều hành trực tiếp tại các điểm đỗ tàu lưu trú nghỉ đêm trên Vịnh chưa có sự kiểm tra, kiểm soát, sắp xếp điều hành vị trí đỗ cụ thể cho các tàu đảm bảo công suất đã công bố tại các điểm. Có một thực tế, hiện nay các tàu lưu trú nghỉ đêm phần lớn tự neo đỗ. Tại một số điểm tham quan trên Vịnh, một số tàu nghỉ đêm do không thực hiện đúng quy định đã gây ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động nuôi trồng thủy sản và sinh hoạt của ngư dân do ô nhiễm tiếng ồn, khuấy đục dòng nước, gây xáo trộn hệ sinh thái tầng đáy, gây ùn tắc, lộn xộn khu vực đón tiếp khách nghỉ đêm. Ngoài ra, việc thực hiện đảm bảo môi trường trên Vịnh Hạ Long đối với hoạt động kinh doanh tàu du lịch trên Vịnh vẫn chưa cao, hiện nay vẫn còn tình trạng một số tàu du lịch sau khi kết thúc hành trình tham quan Vịnh Hạ Long đã xả rác ra ngay tại bến nước chỗ cầu tàu, dẫn đến tình trạng ô nhiễm môi trường nước và khu vực cảng tàu. Trên mặt Vịnh vẫn còn nhiều rác thải rắn do khách du lịch hoặc thuyền viên tàu du lịch xả xuống biển như: Vỏ chai lọ, đồ hộp, túi nilon...
Chính những bất cập này, đã làm ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động đưa đón khách du lịch tham quan Vịnh, nguy cơ mất an toàn tiềm ẩn cao. Để khai thác tốt tiềm năng du lịch trên Vịnh Hạ Long cũng như việc quản lý chặt chẽ hoạt động của các tàu thuyền du lịch trên Vịnh cần có sự vào cuộc mạnh mẽ của các cấp, ngành.