Sáng 29-9, Toà phúc thẩm tại thành phố Huế đã tuyên phạt: bị cáo Bùi Thái Sơn (lái chính) 13 năm tù giam và Hà Minh Tâm (lái phụ) 7 năm tù giam (y án sơ thẩm xét xử ngày 29-4-2006) về hành vi "vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường sắt" gây hậu quả nghiêm trọng.
Tại phiên xét xử lần này, toà đã bác bỏ đơn kháng cáo của hai bị cáo Sơn và Tâm mà vẫn xác định nguyên nhân chính gây ra vụ đổ tàu E1 là do lái tàu chạy quá tốc độ quy định tại cung đường Km 751 + 900 đến km 752 + 050 trên tuyến đường sắt Bắc Nam, thuộc địa phận huyện Phú Lộc (tỉnh Thừa Thiên- Huế). Nguyên nhân gãy móc nối giữa các toa là do quá tải chứ không phải do kém chất lượng. Đối với các gia đình bị nạn, Toà xác định Tổng Công ty đường sắt Việt Nam tiếp tục có trách nhiệm bồi thường đầy đủ những thiệt hại đối với các nạn nhân và những người có quyền lợi liên quan với mức đền bù thấp nhất là 3 triệu đồng và cao nhất là 106,8 triệu đồng. Phiên toà đã để lại nhiều bài học trong công tác quản lý đối với Tổng Công ty đường sắt Việt Nam, cũng như ý thức và trách nhiệm của người điều khiển phương tiện giao thông nhằm đảm bảo an toàn cho những chuyến tàu trên tuyến đường sắt Bắc- Nam.