Nhằm đánh giá lại toàn bộ các giá trị về đa dạng sinh học của di sản Vịnh Hạ Long, Ban Quản lý Vịnh Hạ Long phối hợp với Viện Tài nguyên - Môi trường biển Việt Nam triển khai dự án “Khảo sát đa dạng sinh học Vịnh Hạ Long”.
Các nội dung khảo sát bao gồm: Nghiên cứu, đánh giá thực trạng về môi trường nước biển, rừng ngập mặn, san hô, động vật phù du, địa chất v.v... cùng những tác động của môi trường và các yếu tố khác đến sự phát triển của đa dạng sinh học Vịnh Hạ Long.
Sau đợt khảo sát đầu tiên, diễn ra từ 4-7 đến hết ngày 11-7-2007, các nhà khoa học đã khảo sát được khoảng 60 địa điểm thuộc Vịnh Hạ Long và Bái Tử Long. Các mẫu thu được từ hiện trường đã được lưu giữ, bảo quản để đưa về Viện Tài nguyên - Môi trường biển Việt Nam phân tích cho ra kết quả. Theo kế hoạch, các cuộc khảo sát tiếp theo sẽ được hai bên phối hợp tiến hành từ nay cho tới khi kết thúc dự án vào khoảng đầu năm 2009.