Kết thúc thanh tra tại Công ty cổ phần sữa Vinamilk, Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý hơn 40 tỉ đồng sai phạm tại đơn vị này. Đồng thời, Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo bộ trưởng Bộ Công nghiệp, bộ trưởng Bộ Tài chính và giám đốc Ngân hàng Đầu tư và phát triển VN… tiến hành kiểm điểm các tập thể, cá nhân sai phạm liên quan đến quá trình thực hiện cổ phần hóa, mua bán cổ phần, bán bớt phần vốn nhà nước tại Vinamilk.
Theo phương án cổ phần hóa đã được duyệt, cán bộ công nhân viên chức của Vinamilk được mua 11,2% tổng số cổ phần. Tuy nhiên, lãnh đạo công ty đã lấy gần 95.000 cổ phần (chiếm khoảng 10% số cổ phần của cán bộ công nhân viên) để bán cho các đối tượng khác ngoài công ty. Trong đó, bán trên 20.000 cổ phần (giá trên 2 tỉ đồng) cho cán bộ hưu trí của công ty và bán gần 73.000 cổ phần (trên 7 tỉ đồng) cho các cá nhân khác ngoài công ty. Trong số các cá nhân ngoài công ty được mua cổ phần của Vinamilk có cán bộ của Bộ Công nghiệp, Bộ Tài chính, Cục Thuế TP.HCM.
Bên cạnh đó, việc Vinamilk không tổ chức đấu giá số cổ phần ưu đãi mà hộ nông dân không mua hết, không báo cáo với Bộ Công nghiệp để điều chỉnh phương án mà tự ý dùng các quĩ khen thưởng và phúc lợi của công ty để mua là không đúng qui định của Bộ Tài chính.
Năm 2005, Bộ Tài chính chấp thuận cho Vinamilk bán 15% vốn điều lệ thuộc sở hữu nhà nước, trong đó bán cho người lao động trong công ty là 4,8% với giá bán là giá đấu giá thành công bình quân; kết quả giá một cổ phần là 313.100 đồng. Sau đó, Vinamilk lại có công văn gửi Bộ Tài chính đề nghị và được chấp thuận giá bán là 266.100 đồng/CP, khiến Nhà nước thất thu gần 36 tỉ đồng. Ngoài ra, Vinamilk đã tổ chức bán đấu giá 10,46% phần vốn nhà nước, thu được 812,785 tỉ đồng nhưng Vinamilk đã chậm nộp khoản tiền này.
