Bản án tòa tuyên với bị cáo Lương Cao Khải nặng hơn mức án cao nhất mà VKS đề nghị đến 3 năm tù. Cụ thể: 12 năm (tội Nhận hối lộ), 7 năm (tội Đưa hối lộ) và 2 năm (tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn khi thi hành công vụ); tổng hợp hình phạt là 21 năm tù giam.
Đúng 16h 16/11/2007, Hội đồng xét xử (HĐXX) vụ án tiêu cực xảy ra tại Thanh tra Chính phủ đã tuyên án đối với các bị cáo: Lương Cao Khải, nguyên Vụ phó Vụ 2 Thanh tra Chính phủ, Trưởng đoàn thanh tra 4 dự án thuộc Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam; Dương Văn Lực, nguyên Vụ phó Vụ 4 Thanh tra Chính phủ và Bùi Xuân Bẩy, nguyên Vụ phó Vụ 2 Thanh tra Chính phủ đã bị VKSND Tối cao truy tố về các tội danh lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ; đưa và nhận hối lộ.
Bản án tòa tuyên đối với bị cáo Lương Cao Khải khá nghiêm khắc, cao hơn mức án cao nhất mà VKS đã đề nghị đến 3 năm tù. Theo đó, Lương Cao Khải đã bị tuyên phạt 12 năm tù về tội nhận hối lộ; 7 năm tù về tội đưa hối lộ và 2 năm tù về tội lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Tổng hợp hình phạt dành cho bị cáo Lương Cao Khải là 21 năm tù giam.
Bị cáo Dương Văn Lực bị tuyên phạt 8 năm tù và Bùi Xuân Bẩy (Bảy) bị tuyên phạt 3 năm tù cùng về tội nhận hối lộ.
Theo nhận định của HĐXX, năm 2002, Tổng Thanh tra Chính phủ đã thành lập 12 đoàn thanh tra để tiến hành thanh tra 29 dự án, công trình trọng điểm trong đó có 4 dự án của Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam. Tổng Thanh tra Chính phủ đã giao cho Lương Cao Khải làm trưởng đoàn cùng Dương Văn Lực, Bùi Xuân Bẩy làm phó đoàn thanh tra 4 dự án của Tổng Công ty Dầu khí Việt Nam gồm: công trình xây dựng trụ sở làm việc của Công ty Dịch vụ và kỹ thuật dầu khí (PTSC) ở 154 phố Nguyễn Thái Học, Hà Nội, dự án công trình LPG Thị Vải, dự án 2 triệu m3 khí /ngày/đêm và dự án sợi Bazan siêu mỏng.
Trong quá trình thanh tra các dự án này, Lương Cao Khải, Dương Văn Lực và Bùi Xuân Bẩy đã cố tình quy chụp và kết luận sai, hù dọa các đơn vị bị thanh tra để moi tiền, gửi người nhà vào làm việc, mua đất... sau đó vẽ đường cho các đơn vị bị thanh tra giải trình rồi sửa lại kết luận thanh tra có lợi cho đơn vị bị thanh tra, bỏ lọt hành vi phạm pháp, bỏ lọt người phạm tội để vụ lợi.
Bên cạnh đó các bị cáo còn có những lời bóng gió hù dọa sẽ khởi tố người này người nọ, khiến họ sợ hãi, phải gặp các bị cáo nhờ cậy, lo lót để thoát tội. Qua đó, Lương Cao khải đã nhận hối lộ 4 lần với tổng số tiền 10.000 USD và 2 triệu đồng; bị cáo Dương Văn Lực đã nhận 3.000 USD và 10 triệu đồng; Bùi Xuân Bẩy 11 triệu đồng.
Ngoài ra, sau khi vụ tiêu cực tại Thanh tra Chính phủ bị phát hiện, lãnh đạo Tổng Thanh tra Chính phủ yêu cầu các bị cáo nghiêm túc kiểm điểm. Bị cáo Khải đã chủ động 3 lần gặp riêng ông Quách Lê Thanh, nguyên Tổng Thanh tra Chính phủ để hối lộ số tiền 110 triệu đồng để nghe ngóng thông tin và nhờ cậy ông này che chở khi vụ việc tiêu cực tại những dự án do bị cáo làm trưởng đoàn thanh tra bị điều tra.
Theo HĐXX, vụ án Lương Cao Khải là vụ tham nhũng có tính chất đặc biệt nghiêm trọng xảy ra chính tại cơ quan có chức năng đấu tranh phòng chống tham nhũng; kẻ phạm tội lại là những người có chức trách chống tham nhũng. Hành vi của các bị cáo đã làm xói mòn niềm tin của nhân dân, làm mất uy tín của Đảng, Nhà nước và các cơ quan đấu tranh chống tham nhũng. Do vậy cần phải áp dụng mức hình phạt cao nhất đối với các bị cáo mới tương xứng mức độ, hành vi phạm tội.
Về kiến nghị của các luật sư bào chữa cho bị cáo Lương Cao Khải về trách nhiệm của ông Quách Lê Thanh, HĐXX cho rằng sau khi nhận tiền, ông Thanh đã báo ngay cho Ban An ninh Nội chính TW và đã nộp lại số tiền bị cáo Khải hối lộ. Điều này cho thấy ông Thanh không có động cơ vụ lợi chiếm hưởng số tiền 110 triệu đồng, nên không có cơ sở xem xét trách nhiệm hình sự.
Đối với các đối tượng đã đưa hối lộ cho các bị cáo Khải, Lực và Bẩy gồm: Nguyễn Trọng Nhưng, Nguyễn Xin, Huỳnh Kim Quy (nguyên Tổng Giám đốc, Phó Tổng giám đốc và Kế toán trưởng Công ty PVECC), Đậu Hồng Lạc (cán bộ Công ty Chế biến kinh doanh các phẩm khí), Đặng Hữu Quý (nguyên Giám đốc Công ty Tư vấn đầu tư và xây dựng dầu khí), HĐXX cho rằng đã đủ dấu hiệu của tội "Đưa hối lộ". Việc các cơ quan tố tụng miễn trách nhiệm hình sự là không thỏa đáng, có dấu hiệu bỏ lọt tội phạm. Trong số 5 đối tượng này, chỉ có Nhưng là có đơn tố cáo hành vi nhận hối lộ của Khải, Lực, Bẩy; còn Quy, Quý, Lạc, Xin chỉ khai báo thành khẩn sau khi cơ quan điều tra khởi tố vụ án.
Do vậy, HĐXX cho rằng, chỉ Nhưng đủ điều kiện được miễn trách nhiệm hình sự, 4 đối tượng còn lại cần phải kiến nghị cơ quan điều tra xử lý hình sự về hành vi nhận hối lộ.