Hiện trên địa bàn tỉnh có khoảng 8.000 cơ sở sản xuất kinh doanh chế biến thực phẩm. Việc quản lý chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm (VSATTP) còn nhiều khó khăn, nhất là những mặt hàng nông, lâm sản, sản phẩm từ gia súc gia cầm. Khó khăn không chỉ về lực lượng, trang thiết bị, mà còn từ ý thức của người sản xuất, tiêu dùng thực phẩm.
Đoàn kiểm tra liên ngành của tỉnh xét nghiệm mẫu giá đỗ tại Cơ sở dịch vụ ăn uống Ngọc Tuấn, thôn 5, thị trấn Quảng Yên (Yên Hưng).
Còn với những loại thực phẩm từ gia súc, gia cầm, thì vấn đề kiểm soát nguồn gốc, kiểm tra xem thực phẩm có mang mầm bệnh gây ảnh hưởng đến sức khoẻ cho con người hay không, nơi giết mổ có đảm bảo vệ sinh thú y không... cũng rất khó khăn, bởi trên địa bàn tỉnh chủ yếu là các cơ sở giết mổ nhỏ lẻ, nằm rải rác trong khu vực dân cư, ngành Thú y không đủ lực lượng tham gia. Việc xây dựng các lò mổ tập trung đã được tỉnh đưa ra từ năm 2005-2006, nhưng đến nay chỉ TP Hạ Long đang trong tiến trình xây dựng, còn các địa phương khác vẫn “án binh bất động”. Để thuận tiện cho việc kiểm soát về VSATTP, tránh chồng chéo cho đoàn kiểm tra các cấp, vừa không gây phiền hà cho các doanh nghiệp, sở, Bộ Y tế đã có quy định phân cấp về quản lý, cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện VSATTP và kiểm tra, kiểm soát cho các doanh nghiệp, cơ sở sản xuất, kinh doanh, chế biến thực phẩm. Theo đó, loại thức ăn đường phố, các cơ sở dịch vụ ăn uống nhỏ, bếp ăn trường học được phân cấp cho cấp phường, xã, thị trấn quản lý. Tuy nhiên, trong quá trình kiểm tra, ở cấp này cũng gặp không ít trở ngại. Anh Hoàng Duy Đông, Phó Chủ tịch UBND thị trấn Quảng Yên (Yên Hưng), cho biết: “Hàng năm, thị trấn vẫn thành lập các đoàn kiểm tra VSATTP, nhưng việc kiểm tra chỉ dừng lại ở việc xem nơi chế biến thực phẩm của cơ sở có sạch sẽ không, thực phẩm có tươi sống không, có đủ giấy tờ không... chứ không thể biết thực phẩm đó có chất độc hại không, vì không có các tex thử nhanh...”. Việc cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện VSATTP với các cơ sở do cấp phường, xã quản lý càng khó khăn hơn vì liên quan đến xét nghiệm, đến khám sức khoẻ, làm xét nghiệm người lành mang trùng đối với người tham gia chế biến, sản xuất thực phẩm... Mà muốn khám sức khoẻ, làm xét nghiệm... lại phải đến bệnh viện huyện, Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh... Chưa kể nếu cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện cho cơ sở, chẳng may nếu xảy ra vụ ngộ độc, thì ở cấp xã, phường cũng rất e ngại đến trách nhiệm. Bởi vậy đến nay, số cơ sở sản xuất kinh doanh chế biến thực phẩm trên địa bàn tỉnh do cấp xã, phường quản lý chiếm tỉ lệ lớn, nhưng số cơ sở được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện VSATTP lại chiếm tỉ lệ rất nhỏ.
Hiện nay, ý thức người sản xuất chưa cao, nhiều người chỉ vì lợi nhuận, sẵn sàng sử dụng chất kích thích tăng trưởng, thuốc sâu phun rau, quả không đúng quy định, thậm chí cả phooc môn để làm bánh phở, bún, ướp thịt để tươi lâu hơn... Trong khi đó lượng thực phẩm tiêu thụ trên địa bàn tỉnh nhập từ nơi khác về nhiều, nên việc kiểm tra, kiểm soát VSATTP càng khó khăn, mới chủ yếu kiểm tra được phần ngọn, chưa kiểm soát được tận gốc. Trong 5 tháng đầu năm 2009, đoàn kiểm tra của tỉnh và các địa phương đã tiến hành kiểm tra 7.036 cơ sở sản xuất kinh doanh, chế biến thực phẩm trên địa bàn tỉnh, qua đó phát hiện 610 cơ sở vi phạm, lập biên bản xử phạt 75,5 triệu đồng, tiêu huỷ 119kg hạt dưa có sử dụng phẩm màu công nghiệp... Cũng trong 5 tháng đầu năm 2009, ngành Công thương đã bắt giữ và tiêu huỷ hơn 30 tấn gia cầm, trên 90.000 quả trứng gà nhập lậu từ Trung Quốc. Để công tác đảm bảo chất lượng VSATTP ngày càng tốt hơn thì việc đôn đốc các địa phương quy hoạch xây dựng các điểm giết mổ tập trung rất quan trọng. Bên cạnh đó cần tăng cường kiểm tra VSATTP, kiểm tra các đại lý lớn đưa hàng về tiêu thụ tại các điểm nhỏ lẻ trong tỉnh; đẩy mạnh tuyên truyền, hướng dẫn cho người dân cách sử dụng thuốc trừ sâu phun rau quả, cách bảo quản thực phẩm để đảm bảo an toàn cho người tiêu dùng; xây dựng các vùng thực phẩm an toàn gắn với thị trường tiêu thụ; xây dựng các chợ an toàn để cả Ban quản lý chợ vào cuộc (người kinh doanh thực phẩm ký cam kết bán thực phẩm an toàn có nguồn gốc...).