Theo thống kê chưa đầy đủ, hiện nay trên địa bàn tỉnh có 41 doanh nghiệp, đơn vị đang hoạt động nuôi trồng, chế biến thuỷ sản tại 7 huyện, thị xã, thành phố. Các doanh nghiệp này chủ yếu tập trung tại 3 huyện là Yên Hưng, Hoành Bồ và Vân Đồn.
Hầu hết, các doanh nghiệp đều thuộc diện có quy mô lớn, do vậy, tiêu chí bắt buộc phải lập báo cáo đánh giá tác động môi trường. Tuy nhiên, công tác BVMT chưa được các đơn vị quan tâm đúng mức dẫn đến tình trạng vi phạm Luật và các qui định BVMT. Có một thực trạng đáng báo động là hầu hết các đơn vị, cơ sở sản xuất, chế biến thuỷ sản hoạt động trên địa bàn tỉnh khi thanh, kiểm tra về môi trường đều vi phạm. Các chủ cơ sở hầu như chỉ quan tâm đến sản xuất và kinh doanh mà rất ít quan tâm đến trách nhiệm của mình đối với cộng đồng, xã hội và môi trường... Vừa qua, Phòng Cảnh sát môi trường (PC36, Công an tỉnh) đã tiến hành kiểm tra 28/41 doanh nghiệp, đơn vị trên địa bàn tỉnh hoạt động trong lĩnh vực nuôi trồng, chế biến thủy sản. Trong số 28 doanh nghiệp được kiểm tra có 14 đơn vị không lập báo cáo đánh giá tác động môi trường. Đơn cử như HTX Dịch vụ nông nghiệp Hà An, Công ty TNHH Đầu tư và xây dựng IC, Công ty CP Thành Nam, Công ty TNHH Ngọc trai Phương Đông, Công ty TAIHEIYO SHINJU... Và có tới 24 đơn vị xả nước thải vào nguồn tiếp nhận nhưng hầu hết đều không có giấy phép, không đăng ký với chính quyền địa phương. Chỉ có 2 đơn vị được Sở Tài nguyên và Môi trường cấp giấy phép và thực hiện kê khai nộp phí nước thải theo quy định. Đặc biệt, hầu hết các doanh nghiệp, đơn vị chế biến hải sản đều không chấp hành nghiêm túc các quy định về bảo vệ môi trường và không thực hiện đầy đủ các nội dung trong báo cáo đánh giá tác động môi trường. Điều đáng quan tâm trong đợt kiểm tra trên, Phòng PC36 đã phát hiện có 4 doanh nghiệp phát sinh chất thải nguy hại nhưng không lập hồ sơ đăng ký phát sinh chất thải nguy hại (vi phạm khoản 4, điều 15, Nghị định 181/2006-CP của Chính phủ). 4 doanh nghiệp này gồm các đơn vị: Công ty TAIHEIYO SHINJU-Việt Nam, Công ty Ngọc trai Phương Đông, Công ty Đầu tư phát triển Hạ Long, Công ty TNHH Công nghệ Việt - Mỹ. Kết quả xét nghiệm mẫu nước thải của những đơn vị này đều vượt tiêu chuẩn cho phép, ảnh hưởng đến môi trường sống. Nguồn chất thải độc hại này hiện nay chưa được xử lý triệt để, vẫn tiếp tục thải ra môi trường. Hiện nay, vấn đề quản lý và xử lý nguồn bùn thải, chất thải nuôi trồng thủy sản còn hạn chế, chưa đáp ứng các tiêu chuẩn môi trường, đây là vấn đề rất bức xúc trong nuôi trồng thủy sản trên địa bàn tỉnh hiện nay. 
Chế tác ngọc trai ở Công ty TAIHEIO SHJU - Việt Nam. Đây là đơn vị nuôi trai cấy ngọc trai tại Vân Đồn đã không lập báo cáo đánh giá trác động môi trường.
Có thể khẳng định, nguyên nhân chủ yếu của những vi phạm trên là do các doanh nghiệp, đơn vị nhận thức chưa đầy đủ về công tác BVMT cũng như hoạt động nuôi trồng, chế biến thuỷ sản. Bên cạnh đó, các cơ quan chủ quản, cơ quan quản lý nhà nước về môi trường thiếu sự hướng dẫn, kiểm tra và không kịp thời xử lý các vi phạm. Để thực hiện tốt các quy định về bảo vệ môi trường trong lĩnh vực nuôi trồng, chế biến thuỷ sản trên địa bàn tỉnh, Phòng Cảnh sát môi trường (Công an tỉnh) đã báo cáo UBND tỉnh chỉ đạo các ngành chức năng như Tài nguyên và Môi trường, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các địa phương tổ chức kiểm tra, hướng dẫn, chấn chỉnh việc chấp hành Luật và các quy định về bảo vệ môi trường đối với các doanh nghiệp. Bên cạnh đó, các cơ sở, dự án đầu tư trong lĩnh vực nuôi trồng thủy sản phải tuân theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường cũng như thực hiện đánh giá tác động môi trường, cam kết bảo vệ môi trường theo quy định. Đối với dự án đầu tư nuôi trồng thủy sản thâm canh hoặc bán thâm canh có diện tích mặt nước từ 10-50ha trở lên phải tiến hành lập báo cáo đánh giá tác động môi trường trình ngành chức năng xét thẩm định.
