Một trong những khó khăn, trở ngại trong việc bảo tồn, phát huy giá trị di sản văn hoá đó là giải quyết mâu thuẫn giữa nhu cầu lợi ích kinh tế trước mắt với bảo tồn di tích. Vấn đề này đã và đang tồn tại không chỉ riêng Quảng Ninh đòi hỏi các cấp chính quyền, cơ quan chức năng quan tâm.
Yên Tử là di tích xảy ra nhiều xung đột nhất giữa lợi ích về kinh tế với bảo tồn di sản.
Nếu như chuyện xung đột lợi ích kinh tế với bảo tồn di tích như ở Yên Tử dù có lúc “căng” nhưng vẫn được giải quyết thì ở nhiều di tích khác trên địa bàn tỉnh không có được kết quả như vậy. Núi Đầu Rằm là một di tích tiêu biểu cho giai đoạn Sơ kỳ Kim khí (thời đại Hùng Vương) ở Quảng Ninh. Di tích này đã được khai quật năm 1998, qua đó đã khẳng định được giá trị quan trọng về lịch sử, văn hoá, là tư liệu quý cho việc nghiên cứu về môi trường Vịnh Hạ Long cách ngày nay trên dưới 3.000 năm. Xét về mặt giá trị, Đầu Rằm xứng đáng được xếp hạng di tích lịch sử cấp tỉnh. ấy vậy nhưng giờ đây núi Đầu Rằm gần như đã bị san phẳng bởi người ta khai thác đá xây dựng. Tương tự như núi Đầu Rằm, do các nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội, xây dựng cơ sở hạ tầng dẫn đến nhiều di tích khảo cổ khác dọc ven bờ Vịnh Hạ Long nay chỉ còn trên các trang tư liệu như Thoi Giếng, Vạn Ninh (Móng Cái), Ngọc Vừng (Vân Đồn), Đồng Mâu, Cái Dăm (Hạ Long)... ở xã Hạ Long (Vân Đồn), di tích khảo cổ học Ba Vũng thuộc Văn hoá Hạ Long cũng có nguy cơ bị xâm hại do người dân khai thác đất cát, làm xói mòn di tích.
Đối với các di tích thuộc công trình kiến trúc cũng không tránh khỏi xung đột trên. ở các vùng quê, mật độ cư trú không như ở thành phố nên các di tích “dễ thở” hơn, ít bị lấn chiếm hơn. Trong khi đó, với đô thị “tác đất, tấc vàng”, mật độ cư trú đông nên xung đột lợi ích dễ xảy ra. Tại TP Hạ Long, di tích bài thơ của vua Lê Thánh Tông trên núi Bài Thơ bị “quây kín” bởi những hộ dân xung quanh, không gian chật hẹp khiến du khách muốn đến đây chiêm ngưỡng, vọng bái rất khó khăn. Tại đền Trần Quốc Nghiễn, cho mãi đến cách đây khoảng gần 10 năm người ta mới chuyển được một trường tiểu học ra khỏi khuôn viên di tích...
Vẫn biết trong sự phát triển kinh tế - xã hội, sự nảy sinh mâu thuẫn giữa lợi ích, nhu cầu kinh tế của một hay thông thường là của một tổ chức, cộng đồng, doanh nghiệp... với yêu cầu về bảo tồn di tích là không tránh khỏi. Điều quan trọng là làm thế nào để có thể hài hoà giữa hai lợi ích ấy, ở một số trường hợp, thậm chí cần thiết phải “hy sinh” lợi ích trước mắt để hướng tới lợi ích lâu dài (như ở di tích Yên Tử). Tất nhiên, vấn đề này phụ thuộc vào nhận thức của cơ quan có thẩm quyền, chức năng; vào sự tuyên truyền để người dân, địa phương, doanh nghiệp hiểu được việc bảo tồn, phát huy giá trị di tích là có ý nghĩa, giá trị lâu dài.