Các tổ chức sản xuất, kinh doanh hàng hoá xuất khẩu có hàng hoá thực xuất đang trong thời gian chưa được phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng theo hợp đồng được xét tạm hoàn thuế GTGT theo quy định tại Thông tư 94/2010/TT-BTC do Bộ Tài chính mới ban hành.
Thông tư cũng quy định, các đối tượng được tạm hoàn thuế GTGT trên không bao gồm một số trường hợp phải kiểm tra trước khi hoàn thuế như: Người nộp thuế (NNT) đề nghị hoàn thuế lần đầu, trừ trường hợp người nộp thuế sản xuất, gia công hàng xuất khẩu có cơ sở sản xuất tại địa phương nơi hoàn thuế được tạm hoàn thuế GTGT; NNT đã có hành vi trốn thuế, gian lận về thuế trong thời hạn 2 năm tính từ thời điểm đề nghị hoàn thuế trở về trước; NNT sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu cơ sở kinh doanh, chấm dứt hoạt động kinh doanh; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước, khi thực hiện quyết toán thuế tại thời điểm sáp nhập, hợp nhất... có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết hoặc có số thuế GTGT nộp thừa... Theo Thông tư, số thuế GTGT được tạm hoàn đối với hàng hoá thực xuất khẩu chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng bằng 90% số thuế GTGT đầu vào được hoàn của hàng hoá xuất khẩu theo hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp hàng xuất khẩu thanh toán theo phương thức chậm trả hoặc từng kỳ, được ghi rõ trong hợp đồng xuất khẩu trong thời gian chưa đến hạn thanh toán; chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hoặc phía nước ngoài đã có thanh toán hoặc tạm ứng trước thì NNT được hoàn toàn bộ số thuế GTGT đầu vào. Trường hợp NNT đã thực xuất khẩu hàng hoá, đã được phía nước ngoài thanh toán qua ngân hàng theo hợp đồng xuất khẩu một phần giá trị hàng hoá thực xuất khẩu, nếu người nộp thuế có hồ sơ đề nghị tạm hoàn thuế GTGT đầu vào đối với hàng hoá xuất khẩu (bao gồm cả phần giá trị hàng hoá xuất khẩu đã được thanh toán và phần giá trị hàng hoá xuất khẩu chưa được thanh toán), nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuế, hoàn thuế thì được hoàn thuế GTGT đầu vào như: Phần giá trị hàng hoá đã có chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hoàn toàn bộ; phần giá trị hàng hoá còn lại chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến hạn thanh toán theo hợp đồng xuất khẩu thì được tạm hoàn 90%, đến hạn thanh toán theo hợp đồng xuất khẩu NNT xuất trình đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì được hoàn tiếp 10% số thuế GTGT chưa được hoàn. Ngoài ra, Thông tư cũng quy định một số trường hợp khác được hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu.
Đối với hồ sơ đề nghị tạm hoàn thuế GTGT của hàng hoá xuất khẩu, chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (90%) đảm bảo tính đầy đủ, đúng thủ tục, hợp pháp thì thời hạn giải quyết tạm hoàn thuế tối đa không quá bảy ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Đối với hồ sơ đề nghị hoàn tiếp số thuế GTGT còn lại của hàng hoá xuất khẩu, chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (10%) thì thời hạn giải quyết hoàn thuế tối đa không quá bốn ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế của NNT. Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý thì cơ quan thuế hướng dẫn người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn tiếp 10% về Cục Thuế để giải quyết (không gửi đến Chi cục Thuế). Nếu hồ sơ đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng theo quy định thì Cục Thuế giải quyết hoàn ngay 10% số thuế còn lại cho người nộp thuế trong thời hạn nêu trên; trường hợp cần thiết phải xác minh chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì Cục Thuế thông báo cho Chi cục Thuế để xác minh.
