Đầu năm 2009, Viện Khảo cổ học phối hợp với Sở Văn hoá, Thể Thao và Du lịch Quảng Ninh tiến hành điều tra khảo cổ học trên vịnh biển Bái Tử Long đã phát hiện mới một di tích người nguyên thuỷ tại huyện đảo Vân Đồn. Đó là địa điểm hang Hòn Rùa, thuộc thôn 9, xã Hạ Long, nằm cách bờ gần 1km, cách địa điểm Đông Trong II- một di tích khảo cổ học tiền sử nổi tiếng khoảng 1km về phía tây bắc.
Ở khu vực gần cửa đông của hang, còn tồn tại một khối trầm tích văn hoá lớn gần 10m3 màu xám nhạt bám chặt vào vách phải của hang. Khối trầm tích dày hơn 3m, chứa đầy vỏ nhuyễn thể nước ngọt, hiện tượng cacbonnat canxi hoá đã gắn kết chúng thành một khối rắn chắc. Đây chính là tầng văn hoá nguyên sơ ban đầu của người nguyên thuỷ cư trú trong hang, được hình thành trước khi phần giữa của hang bị sụt xuống do vận động kiến tạo đương thời. Trong khôí trầm tích này có chứa nhiều mẩu than, mảnh xương vụn, mảnh tước công cụ và cả công cụ lao động của người nguyên thuỷ làm từ đá cuội ghè. Điều này giúp ta có thể khẳng định một cách chắc chắn rằng, hang Hòn Rùa là một di chỉ cư trú của người nguyên thuỷ. Sự có mặt của trầm tích văn hoá chứa hầu hết loài nhuyễn thể nước ngọt, không có nhuyễn thể biển chứng tỏ người nguyên thuỷ hang Rùa sống ở thời kỳ mà khu vực này còn là đất liền, chưa có biển. Có thể chủ nhân di tích Hang Rùa là cư dân sinh sống cùng thời với cư dân hang Tiên Ông, hang Thủng, hang Soi Nhụ trong khu vực Vịnh Hạ Long-Bái Tử Long. Căn cứ vào tài liệu khảo cổ, đặc biệt dựa vào sự xuất hiện của rìu mài hạn chế phần lưỡi, bước đầu các nhà khảo cổ xác định, đây là di chỉ của người tiền sử sống ở vào giai đoạn đầu thời đá mới, có niên đại khoảng 10.000 năm cách ngày nay. Những hoạt động kiến tạo, làm sụt lòng hang xảy ra vào khoảng thời gian sau đó chính là nguyên nhân khiến người nguyên thuỷ rời khỏi hang, cư trú ở nơi khác.
Hiện tại, các dấu tích của người nguyên thuỷ vẫn được giữ nguyên vị trí ban đầu. Do tầng trầm tích văn hoá ở hang Hòn Rùa rất dày (dày nhất trong số các di tích cùng thời kỳ), các nhà khoa học đoán định, đây là di chỉ khảo cổ rất quan trọng, hứa hẹn nhiều sử liệu bằng vật chất quý giá, không loại trừ có cả những hoá thạch con người nguyên thuỷ đang được lưu giữ trong khối trầm tích văn hoá còn sót lại.
Hiện nay, các nhà khoa học đang có kế hoạch nghiên cứu chuyên ngành sâu hơn nữa di chỉ này.