Ngày 31-5-2006, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 786/QĐ-TTg phê duyệt Đề án “Phát triển kinh tế - xã hội Khu kinh tế Vân Đồn”. Chức năng chính của Khu kinh tế Vân Đồn được xác định là: Trung tâm du lịch sinh thái biển đảo chất lượng cao, Trung tâm hàng không quốc tế, trung tâm dịch vụ cao cấp và đầu mối giao thông quốc tế.
Cùng với Vân Đồn, một số khu kinh tế đã được Chính phủ phê duyệt và đang triển khai thực hiện như: Khu kinh tế Phú Quốc (Kiên Giang), Lăng Cô, Chân Mây (Thừa Thiên Huế). Chức năng chính của các khu kinh tế này cũng được xác định là du lịch sinh thái biển đảo chất lượng cao. Tuy các điều kiện tự nhiên, xã hội không bằng Vân Đồn nhưng các địa phương trên có chiến lược thực hiện rất bài bản và thu hút được nhiều dự án đầu tư lớn. Từ bài học kinh nghiệm của các khu du lịch khác trên địa bàn và các tỉnh khác trong nước cho thấy sự phát triển nóng vội, không tuân theo quy hoạch đã dẫn đến tình trạng làm du lịch nhưng lại phá vỡ những điều kiện cần thiết nhất để cho du lịch phát triển bền vững. Đồng chí Nguyễn Tất Thành, Phó Chủ tịch UBND huyện cho biết: Trong khi chờ có quy hoạch tổng thể, chi tiết cho Khu kinh tế Vân Đồn, huyện xác định nhiệm vụ đầu tiên là phải làm tốt công tác giữ gìn, bảo quản hiện trạng tài nguyên thiên nhiên biển đảo và rà soát lại các dự án trên địa bàn, đề nghị tỉnh thu hồi những dự ánkhông thực hiện và điều chỉnh một số dự án để phù hợp với sự phát triển của huyện. Bên cạnh đó, Vân Đồn cũng đang được tỉnh quan tâm đầu tư hoàn hiện cơ sở hạ tầng như nâng cấp hệ thống giao thông, điện, nước, bến cảng...
Với mục tiêu phát triển bền vững, Vân Đồn đang đẩy mạnh phát triển kinh tế thủy sản theo hướng chuyển dịch từ đánh bắt hải sản ven bờ sang nuôi trồng thủy hải sản, tạo tiền đề quan trọng trong việc tạo vùng nguyên liệu ổn định cung cấp thực phẩm đặc sản phục vụ nhu cầu ẩm thực của khách du lịch. Tuy nhiên, so với tiềm năng, lợi thế du lịch Vân Đồn hiện phát triển chưa tương xứng, huyện mới chỉ thu hút được một số nhà đầu tư vào làm du lịch và cũng chủ yếu tập trung ở khu vực Cái Rồng, Quan Lạn, Ngọc Vừng, còn các xã đảo hầu như vẫn còn đang bỏ trống. Có thể nói, hiện nay việc khai thác du lịch ở Vân Đồn vẫn mang tính tự phát dựa trên lợi thế sẵn có là chính. Một trong những nguyên nhân được xem là rào cản lớn trong hành trình tiến tới khu du lịch biển đảo chất lượng cao mang thương hiệu Vân Đồn là hạ tầng cơ sở chưa đủ sức đáp ứng yêu cầu cho việc phát triển một khu du lịch chất lượng cao. Hiện nay ngay tại đảo lớn Cái Bầu, nguồn nước sạch cũng chỉ đáp ứng được 70% nhu cầu của người dân, các đảo còn lại đều đang sử dụng nguồn nước tự nhiên hạn chế về số lượng, kém về chất lượng. Điều khó khăn là phương án lấy nước tại chỗ hầu như không thể vì nước mặt rất hạn chế và nước ngầm lại bị nhiễm mặn, còn phương án đưa nước từ đất liền ra hiện gặp rất nhiều trở ngại, đòi hỏi đầu tư lớn và phương tiện hiện đại. Mạng lưới giao thông liên xã, thôn, bến cảng của các xã đảo còn thiếu nhiều gây trở ngại lớn trong việc giao thương nhất là trong mùa mưa bão. Thêm một rào cản nữa là trình độ dân trí và chất lượng nguồn nhân lực của huyện còn thấp, năng lực và khả năng tiếp cận với kỹ thuật - công nghệ tiên tiến còn hạn chế. Do đặc điểm địa lý xa xôi, điều kiện thông tin liên lạc ở các tuyến đảo khó khăn cũng là một trong những nguyên nhân khiến nhà đầu tư cân nhắc khi quyết định đầu tư tại các xã đảo. Có lẽ những điểm còn hạn chế trên đã khiến Vân Đồn chưa thu hút được nhiều nhà đầu tư vào phát triển du lịch trên địa bàn.
Để phát triển Vân Đồn thành trung tâm du lịch sinh thái biển đảo chất lượng cao riêng huyện không thể làm được mà cần có sự tham gia ủng hộ, chỉ đạo tích cực của Chính phủ, các bộ, ngành Trung ương, của tỉnh và các ngành chức năng. Mong rằng Quy hoạch xây dựng tổng thể Khu kinh tế Vân Đồn sớm được Chính phủ phê duyệt và Ban quản lý Khu kinh tế được thành lập sẽ tạo những cú huých giúp huyện tháo gỡ được những khó khăn.
