Ngày 31-10-2006, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đã ký ban hành Nghị định số 129/2006/NĐ-CP quy định hành vi vi phạm hành chính trong quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia; hình thức xử phạt, mức phạt; các biện pháp khắc phục hậu quả; thẩm quyền xử phạt; thủ tục xử phạt; khiếu nại, tố cáo và giải quyết khiếu nại tố cáo.
Theo Nghị định, mức phạt tiền đối với một hành vi vi phạm hành chính trong quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia là từ 100 nghìn đến 30 triệu đồng. Trong đó, áp dụng mức phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 100 - 300 nghìn đồng đối với hành vi vẽ, viết thêm, tẩy xóa chữ trên các biển báo "khu vực biên giới", "vành đai biên giới", "vùng cấm", "khu vực cửa khẩu" và các biển báo khác trong khu vực biên giới; ra vào, đi lại, hoạt động trái phép trong vùng cấm, khu vực hạn chế hoạt động trong khu vực biên giới.
Mức phạt tiền từ 15 - 30 triệu đồng được áp dụng đối với tàu nước ngoài khi đưa hàng hóa lên, xuống tàu thuyền không đúng nơi quy định, hoặc có hành vi phóng lên các phương tiện bay, hạ cánh xuống các tàu thuyền, vật thể trái với quy định của pháp luật Việt Nam.
Đối với hành vi xây dựng công trình giao thông, du lịch, thủy lợi, thủy điện, xí nghiệp, nông trường, lâm trường, trang trại, các công trình, cảng, khu kinh tế liên doanh, liên kết với nước ngoài thăm dò, khai thác tài nguyên và các dự án xây dựng khác trong khu vực biên giới mà cơ quan chủ quản, chủ công trình không thông báo cho cấp có thẩm quyền, Đồn Biên phòng sở tại thì bị phạt tiền từ 2 - 5 triệu đồng, đồng thời sẽ bị buộc tháo dỡ thiết bị, công trình xây dựng trái phép đó.
Nghị định nêu rõ, cá nhân, tổ chức bị xử phạt vi phạm hành chính trong quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia phải nghiêm chỉnh chấp hành quyết định xử phạt trong thời hạn 10 ngày, kể từ ngày được giao quyết định xử phạt, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác. Quá thời hạn trên mà cá nhân, tổ chức bị xử phạt không tự nguyện chấp hành quyết định xử phạt thì bị cưỡng chế theo Điều 66 của Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính.
Người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong quản lý, bảo vệ biên giới quốc gia nếu lạm dụng quyền hạn, sách nhiễu, dung túng, bao che cho người vi phạm; không xử phạt hoặc xử phạt không kịp thời, không đúng mức; xử phạt vượt quá thẩm quyền thì tùy theo tính chất, mức độ vi phạm sẽ bị xử lý theo pháp luật, nếu gây thiệt hại cho nhà nước, công dân, tổ chức thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.
