Vườn quốc gia Bái Tử Long nằm trong địa giới của 3 xã Minh Châu, Vạn Yên và Hạ Long (Vân Đồn) có tổng diện tích các đảo và mặt nước là 15.783ha, trong đó có những hòn đảo nổi tiếng về lịch sử và cảnh quan như Soi Nhụ, Ba Mùn, Sậu Nam, Đông Ma, Trà Ngọ...
Ba Mùn là đảo phiến thạch duy nhất có rừng nguyên sinh của Vịnh Bái Tử Long. ảnh: Vũ Công ThànhHệ sinh thái của Vườn thực phong phú và đa dạng, trong đó bao gồm nhiều loài thực vật chịu hạn với các loài đặc trưng như cây trai lý, tuế đá vôi, lan hài vệ nữ, kim giao, lát hoa. Nhiều loài động vật quý hiếm có số lượng lớn như khỉ vàng, sơn dương, rùa hộp ba vạch, trăn gấm, báo lửa, rắn hổ mang chúa... Đặc biệt nơi đây còn tồn tại một quần thể nai duy nhất trong vùng Đông Bắc nước ta. Vườn còn có hệ thống các hang động castơ núi đá là những di tích người tiền sử và thắng cảnh nổi tiếng. Vùng biển của Vườn giữ được môi trường trong sạch nên có nhiều rạn san hô, đặc biệt thảm cỏ biển rộng đến 10ha là loài thực vật bậc cao như cỏ xoan và cỏ lươn Nhật Bản. Đây là hệ sinh thái rất quan trọng giúp một số loài hải sản quý đang có nguy cơ tuyệt chủng như dugong, rùa biển, ốc nhảy... có số lượng khá lớn đến cư trú và kiếm ăn. ở vùng biển của Vườn, nhiều lần xuất hiện cá heo, cá nàng tiên và đồi mồi đến đẻ trứng. Rừng ngập mặn còn được bảo tồn khá nguyên vẹn ở vùng bãi triều như các vụng Cái Quýt, Soi Nhụ, Lỗ Hố, ổ Lợn và các thung áng Cái Đé, Cái Lim. Những nét nguyên sơ độc đáo đó đã cho nơi đây một không gian đầy sức quyến rũ. Điều đáng ghi nhận là khu bảo tồn quốc gia này đang lưu trữ một nguồn gen quý có giá trị cao, bao gồm 1.909 loài động thực vật, trong có đến 72 loài động vật và 30 loài thực vật được ghi trong sách đỏ Việt Nam. Để bảo tồn nét nguyên sơ và sự đa dạng của quần thể động thực vật nơi đây, Ban Quản lý Vườn đã lập kế hoạch đề ra nhiều giải pháp, phương án thực hiện. Trong năm 2009, Ban đã tuần tra bắt giữ 7 vụ vi phạm, trong đó có 6 vụ khai thác vận chuyển lâm sản và 1 vụ khai thác cát, thu 4,24m3 gỗ; 2,4 tấn huyết giác (dược liệu)...; tập trung tuyên truyền vận động nhân dân không săn, bắt, chặt phá rừng, qua đó ý thức người dân sống trong khu vực đệm của Vườn đã được nâng lên, các vụ vi phạm giảm bớt rõ rệt. Các Trạm kiểm lâm và đội tuần tra lưu động thường xuyên kiểm tra, hướng dẫn các xưởng chế biến sứa và các hộ nuôi trồng thuỷ sản, trồng rừng trong khu vực quản lý nên đã hạn chế thấp nhất tình trạng ô nhiễm biển, đặc biệt là đã không để xảy ra tình trạng cháy rừng. Từ nhiều năm nay có một số hộ dân sinh sống trong khu vực cần bảo vệ, Ban Quản lý Vườn và huyện Vân Đồn đã kiểm tra rà soát các hộ dân được giao rừng và đất rừng (tổng diện tích 1.860,8ha) để có biện pháp bảo vệ tích cực hơn.
Quần thể thông lá tre dài mới được phát hiện ở khu vực vụng Cái Quýt thuộc đảo Ba Mùn.
Công tác điều tra giám sát đa dạng sinh học của Ban Quản lý ngày càng đi vào chiều sâu, qua đó đã phát hiện thêm quần thể thông lá tre dài; chim di cư rẽ mỏ thìa (có tên trong sách đỏ); đàn cá heo (thường xuyên ở vụng Cái Quýt); đàn khỉ vàng và khỉ đuôi dài có số lượng cá thể lớn. Gắn 25 biển tên cây rừng trên đoạn đường du lịch ở đảo Ba Mùn. Thực hiện 2 đề tài khoa học là trồng thử nghiệm cây bá bệnh (bách bệnh) và cây lá khôi. Qua đó đã hoàn thành xây dựng hệ thống vườn ươm và tổ chức ươm gieo thành công 2.000 cây lá khôi và 2.900 cây bá bệnh bằng 2 phương pháp giâm hom và gieo hạt. Hiện cây sống tốt và cho hoạt chất cao. Đồng thời Ban Quản lý Vườn còn triển khai tốt 2 đề tài khoa học đã bước sang năm thứ 3, đó là làm giàu rừng bằng diện tích cây lim xanh và trồng cây kim giao núi đá có những tiến triển tốt. Cùng với đó Vườn Quốc gia Bái Tử Long đã thực hiện đề tài “Bảo tồn đa dạng sinh học và sử dụng bền vững nguồn tài nguyên thiên nhiên trên các đảo và thềm lục địa Vườn Quốc gia Bái Tử Long” được UBND tỉnh phê duyệt tháng 6-2009 với tổng kinh phí 49.151 USD từ Quỹ bảo tồn Việt Nam để hướng tới các mục tiêu: Quản lý và sử dụng bền vững nguồn tài nguyên thiên nhiên trong ranh giới của Vườn; xây dựng cơ chế chia sẻ lợi ích nhằm làm giảm những tác động của cộng đồng địa phương đến Vườn. Qua đó đã khảo sát các loại động vật chính và xây dựng hệ thống giám sát đa dạng sinh học; hoàn thành khảo sát hệ dơi và bò sát tại đảo Trà Ngọ Lớn. Xây dựng kế hoạch quản lý, mở nhiều lớp tập huấn cho hàng trăm cán bộ, nhân dân các xã vùng đệm. Phối hợp cùng nhóm chuyên gia Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên Thế giới (IUCN) triển khai thành công chương trình bảo tồn rùa biển; qua đó đã tổ chức được một mạng lưới tình nguyện viên gồm 30 người ở xã Minh Châu, huyện Cô Tô, và các xã vùng đệm. Đã điều tra khoanh vùng các bãi cát rùa thường đến đẻ trứng trong mùa sinh sản, cứu hộ thành công 1 con vích tại Cô Tô và 2 con đồi mồi tại Minh Châu. Đặc biệt lần đầu tiên đã theo dõi và bảo vệ thành công một ổ trứng vích có 50 con nở và bò xuống biển. Hiện việc bảo vệ nguồn tài nguyên và quần thể động thực vật trong Vườn Quốc gia Bái Tử Long còn gặp rất nhiều khó khăn, do đó rất cần sự quan tâm, hỗ trợ của các cơ quan chức năng hơn nữa.
