Do có lợi thế thuận lợi về giao thông thuỷ bộ, luồng lạch sâu, dễ tạo mặt bằng nên các doanh nghiệp tư nhân đã chủ động chiếm đất rồi mới làm thủ tục hợp pháp hoá sử dụng đất, gây nên tình trạng xây dựng cảng nhỏ lẻ, chồng chéo, làm cho công tác quản lý đất đai của chính quyền địa phương gặp rất nhiều khó khăn.
Khu kho bãi chế biến, tiêu thụ than của xí nghiệp Cảng (Công ty Đông Bắc) tại khu vực Cảng Khe Dây.
Qua kiểm tra thực tế cho thấy hầu hết các đơn vị hoạt động tại cảng đều đổ xít tạo thêm mặt bằng cảng. Cụ thể như Xí nghiệp Cảng (Tổng Công ty Đông Bắc), trong tổng số 268.582,7 m2 đất quốc phòng được giao, 163.693,3 m2 đất đã được UBND tỉnh cho thuê sử dụng vào hoạt động kho bãi, chế biến tiêu thụ than. Phần diện tích được giao còn lại 104.884,4 m2, đơn vị đang triển khai xây dựng các hạng mục công trình theo dự án và tổng mặt bằng được duyệt, ngoài ra Xí nghiệp còn đổ xít thải ra ngoài ranh giới đất được giao với diện tích tăng thêm 6.120 m2. Công ty Cổ phần phát triển Công nghiệp mặc dù sử dụng đất đúng mục đích, sản xuất kinh doanh có hiệu quả, nhưng chưa lập bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường. Thêm nữa, tại ranh giới phía đông bắc và nam khu vực cảng, Công ty đã đổ xít thải, đất đá lấn ra ngoài ranh giới đất được cho thuê. Theo kết quả đo vẽ bản đồ của Sở TNMT Quảng Ninh thì trên tổng diện tích được thuê 56.302 m2 nhưng Công ty lại đang sử dụng trên diện tích 115.163 m2, tăng 58.861m2. Công ty TNHH Đình Long đã san gạt xong mặt bằng cảng, đang xây dựng hệ thống bờ kè và các hạng mục công trình theo dự án được phê duyệt. Qua kiểm tra diện tích tăng 2.290,2 m2 so với diện tích được thuê và chưa lập bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường. Xí nghiệp dịch vụ và kinh doanh than (Công ty Than Hạ Long) đã ký hợp đồng thuê đất số 43/HĐTĐ, ngày 26-3-2002 với diện tích 6.000 m2, còn diện tích 9.860 m2 được bàn giao từ Công ty CP chế biến KD than Cẩm Phả chưa lập hồ sơ thuê đất theo quy định. Hiện tại, đơn vị sử dụng đất đúng mục đích, ranh giới đất được thuê nhưng chưa có bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường. Xí nghiệp Khai thác Chế biến Kinh doanh than (Công ty Cổ phần Đầu tư Thương mại và Dịch vụ TKV) đang san lấp mặt bằng dự án, nhưng tiến độ thực hiện còn chậm. Nguyên nhân do tổng mặt bằng quy hoạch và bản đồ hiện trạng thuê đất lập bằng hệ toạ độ giả định, chưa gắn với hệ toạ độ chính Nhà nước, dẫn đến việc xác định không chính xác vị trí các mốc ranh giới ngoài thực địa, phát sinh tình trạng chồng lấn với các dự án xung quanh. Mặt khác, qua kiểm tra cũng cho thấy quy hoạch được UBND tỉnh phê duyệt ngày 26-6-2003 của Xí nghiệp làm lấp luồng, lạch bến neo đậu tầu thuyền ảnh hưởng lớn đến đời sống kinh tế của các hộ ngư dân thuộc khu 7, phường Cửa Ông.
Có thể thấy mặc dù các đơn vị kinh doanh tại cụm cảng Khe Dây đều lập thủ tục hồ sơ pháp lý về sử dụng đất nhưng hồ sơ pháp lý về đất đai chưa hoàn thiện, một số đơn vị thiếu biên bản bàn giao đất, có đơn vị được nhận bàn giao sử dụng đất từ đơn vị khác nhưng chưa lập lại hồ sơ thuê đất, và phần lớn các đơn vị chưa lập bản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường theo qui định. Một số đơn vị trong quá trình sàng tuyển than, đã đổ đất đá thải xuống mép cảng, lấn ra sông Voi Lớn làm thu hẹp, giảm độ sâu của sông, ảnh hưởng rất lớn đến luồng lạch đi lại của tàu, thuyền ra vào khu vực cảng Khe Dây. Qua kết quả đo vẽ bản đồ của Sở Tài nguyên và Môi trường thì tổng diện tích các đơn vị đang sử dụng là 594.921,6 m2, tăng 77.494,8 m2 so với tổng diện tích đất được cơ quan Nhà nước cho cácđơn vị thuê. Việc cấp đất làm cảng nhỏ lẻ cho nhiều chủ quản lý sử dụng với nhiều mục đích khác nhau, là không đảm bảo tính đồng bộ của cảng thuỷ nội địa. Có đơn vị quy hoạch bằng hệ toạ độ giả định, khi thi công không xác định chính xác mốc ranh giới, nên đã xảy ra tình trạng chồng chéo, giữa các dự án với nhau (giữa Xí nghiệp Khai thác Chế biến Kinh doanh than với Công ty Cổ phần Phát triển Công nghiệp QN), thiếu hệ thống thoát nước và đường chuyên dùng vận chuyển than ra cảng. Đặc biệt dự án của Xí nghiệp khai thác chế biến kinh doanh than khi quy hoạch cảng thực hiện dự án đã làm mất luồng lạch ra, vào bến neo đậu tàu thuyền, ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống kinh tế của nhiều hộ ngư dân.
Để có định hướng phát triển cảng biển theo hướng hiện đại, chuyên dụng, giữ được môi trường phát triển bền vững, giúp cho ngành Than tăng cao hơn sản lượng than khai thác, tiêu thụ, đáp ứng việc đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng ngoài mỏ, Sở Tài nguyên và Môi trường đã đề nghị UBND tỉnh Quảng Ninh chỉ đạo tổ chức lập dự án, quy hoạch lại tổng thể cụm cảng Khe Dây; điều chỉnh, thu gọn đủ số bến, cảng theo quy hoạch; giao cho TKV làm chủ dự án, thực hiện dự án quy hoạch đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng bến, bãi, kho tàng, đổi mới công nghệ và phương tiện bốc rót, đảm bảo yêu cầu tiêu chuẩn quy phạm cảng, bến thuỷ nội địa. Đơn vị nào muốn sử dụng cảng thì thuê lại đất qua TKV và các doanh nghiệp ngoài ngành Than cần lập lại hồ sơ thuê đất tại cụm cảng Khe Dây, thống nhất theo toạ độ Nhà nước.
Được biết sau khi đi kiểm tra, Sở Tài nguyên và Môi trường đã yêu cầu các đơn vị phải báo cáo về việc điều chỉnh lại quy hoạch hiện trạng thuê đất, lậpbản đăng ký đạt tiêu chuẩn môi trường... nhưng đến nay chưa có đơn vị nào báo cáo. Theo ông Hoàng Văn Bốn, Chánh thanh tra Sở Tài nguyên và Môi trường Quảng Ninh cho biết, trong tháng 9 này Sở Tài Nguyên và Môi trường sẽ triệu tập từng đơn vị đến để giải quyết những tồn tại của các đơn vị vi phạm.