Vùng biển tỉnh Quảng Ninh giàu về tiềm năng, phong phú về thành phần giống loài với 168 loài hải sản, thuộc 117 giống trong 69 họ (chiếm 51% so với tiềm năng hải sản Vịnh Bắc Bộ) và được xác định là 1 trong 4 ngư trường trọng điểm của cả nước, có nhiều bãi tôm, bãi cá sinh sản, phát triển tự nhiên như: bãi tôm vùng hòn Mỹ, hòn Miều, Vịnh Hạ Long, Bái Tử Long. Vùng biển đảo Cô Tô, Vân Đồn có nhiều loài nhuyễn thể trai ngọc, bào ngư, tu hài, sá sùng, cà ghim, ngán, sò... Do sự mất cân đối giữa khai thác gần bờ và xa bờ nên nguồn lợi vùng ven bờ ở độ sâu dưới 30 m nước trở vào đã bị khai thác vượt quá giới hạn cho phép 20-30%; năng suất khai thác một số nghề chính giảm từ 30-60% so với những năm đầu thập kỷ 90; tỷ lệ thủy sản chưa trưởng thành lẫn trong một mẻ lưới vượt quá giới hạn cho phép từ 20-45%. Tỉnh Quảng Ninh có 7.130 tàu, thuyền làm nghề khai thác thuỷ sản, trong đó 96% là tàu khai thác ven bờ. Do lực lượng khai thác ven bờ tập trung quá đông nên những loài thuỷ sản quý hiếm đã bị khai thác tới mức cạn kiệt, một số loài dẫn đến nguy cơ tuyệt chủng như: tôm he, cá song, cá mú và các loài nhuyễn thể (trai ngọc, bào ngư, tu hài). Theo một số chuyên gia nghiên cứu về thuỷ sản, với tốc độ khai thác như hiện nay, đặc biệt là sự mất cân đối giữa 2 lực lượng khai thác ven bờ và xa bờ, trong tương lai nguồn lợi thuỷ sản ven bờ, các nhóm cá nổi, cá tầng đáy sẽ vĩnh viễn biến mất. Hơn nữa khi giá dầu ngày càng tăng cao, các tàu không thể vươn khơi bám biển dài ngày được thì việc tàu thuyền tập trung khai thác khu vực ven bờ không giảm, thậm chí sẽ tăng lên. Nhiều hệ sinh thái tiêu biểu, nơi cư trú, cung cấp nguồn dinh dưỡng, bãi đẻ cho các loài thuỷ sản đang bị phá huỷ và đe doạ (rừng ngập mặn, cồn, rạn san hô biển, thảm thực vật đáy biển). Ngoài nguồn lợi thuỷ sản vùng nước mặn, nước lợ, nguồn lợi thuỷ sản vùng nước ngọt như cá trắm, trôi, chép ở các sông, hồ, đập chứa nước cũng đang bị suy giảm nghiêm trọng. Có một thực trạng hiện nay là lực lượng tàu thuyền khai thác tập trung vào khu vực ven bờ quá đông, khai thác mang tính huỷ diệt nhưng công tác quản lý, bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản hiện còn rất nhiều khó khăn. Ông Nguyễn Văn Nam, Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ nguồn lợi và Thú y thuỷ sản cho biết: Hiện nay đa số người dân không chấp hành các quy định về đăng ký, đăng kiểm tàu, sử dụng phương tiện khai thác mang tính huỷ diệt, không quan tâm đến lợi ích chung của cộng đồng. Việc chuyển đổi cơ cấu nghề nghiệp chậm do chưa có chính sách để khuyến khích ngư dân chuyển đổi, chưa có các mô hình chuyển đổi mang tính thuyết phục để ngư dân học tập, nhân rộng. Trong khi ngư dân làm nghề khai thác ven bờ không đủ năng lực để vươn khơi hoặc chuyển đổi sang nghề nghiệp khác thì họ bắt buộc vẫn phải khai thác, tận diệt nguồn lợi ven bờ, nhiều gia đình đã bao đời sống bằng nghề khai thác thuỷ sản nên dù công tác bảo vệ nguồn lợi dẫu có được đẩy mạnh đến mấy cũng ít hiệu quả nếu không có sự chuyển đổi nghề nghiệp cho họ. Nguồn lợi thuỷ sản có khả năng tái tạo nhưng không phải là vô tận vì vậy khai thác phải đi đôi với việc bảo vệ và phát triển, bảo vệ môi trường sinh thái. Trong điều kiện nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên bị khai thác ngày một cạn kiệt thì việc bảo vệ phát triển nguồn lợi, nuôi trồng thuỷ sản cần xây dựng, ban hành những chính sách hợp lý để khuyến khích chuyển dịch cơ cấu nghề cá ven bờ; chuyển một bộ phận ngư dân có tàu nhỏ khai thác kém hiệu quả sang nuôi trồng thuỷ sản và các hoạt động kinh tế khác. Muốn ổn định mức tăng trưởng của nghề cá trong thời gian dài thì các giải pháp đưa ra đều phải hướng vào việc đảm bảo tính bền vững của các hoạt động sản xuất thuỷ sản. Vùng bờ là nơi rất nhạy cảm và hiện diện nhiều hệ sinh thái đa dụng, có giá trị về hàng hoá và dịch vụ quan trọng, đặc biệt có chức năng sinh thái quan trọng không chỉ đối với chính vùng bờ mà còn đối với vùng biển khơi bên ngoài .Vì vậy khi thực hiện quy hoạch nuôi trồng thuỷ sản ở vùng bờ phải lồng ghép các vấn đề môi trường sinh thái vào quá trình quy hoạch. Ngoài việc tính đến các mối quan hệ qua lại giữa các hệ tự nhiên ở vùng ven bờ liên quan tới hoạt động thuỷ sản, giữa các khu vực quy hoạch phát triển thuỷ sản với hoạt động phát triển của các ngành khác thì cần tính đến mối quan hệ giữa quy hoạch thuỷ sản với các mục tiêu xoá đói giảm nghèo cho cư dân ven biển thông qua đào tạo nghề, tạo sinh kế thay thế hoặc các chính sách khuyến khích khác.