Từ một doanh nghiệp nhà nước, tháng 5-2005, công ty Du lịch Hạ Long tiến hành cổ phần hoá với ngành nghề kinh doanh chính là kinh doanh du lịch (lữ hành, khách sạn, nhà hàng) và kinh doanh dịch vụ (nước sinh hoạt, nước đóng chai, cung ứng và vệ sinh tàu biển, đào tạo nghề du lịch...).
Lúc đầu mới đi vào hoạt động, Công ty gặp không ít khó khăn do chuyển đổi cơ chế hoạt động, thay đổi hình thức sở hữu, cơ sở vật chất khách sạn, nhà hàng xuống cấp v.v ... Đặc biệt vào thời điểm đó, thị trường khách du lịch Trung Quốc, một thị trường truyền thống của Công ty giảm hẳn do phía bạn tạm ngừng cấp phép cho khách du lịch Trung Quốc đi du lịch Việt Nam qua cửa khẩu Móng Cái bằng giấy thông hành. Chính những điều này đã gây ảnh hưởng lớn đến hoạt động kinh doanh du lịch, lữ hành của Công ty.
Công ty cổ phần Du lịch Hạ Long là 1 trong 6 công ty DL tham gia đón khách DL tuyến đường biển Bắc Hải - Hạ Long và Hải Nam - Hạ Long sau khi khai thông trở lại.
Đứng trước tình trạng đó, phát huy thế mạnh là một đơn vị có nhiều kinh nghiệm, uy tín trong hoạt động kinh doanh lữ hành, có nhiều bạn hàng truyền thống (Vào thời điểm những năm 1989, 1990, Công ty Du lịch Hạ Long là đơn vị đầu tiên tham gia đón khách du lịch Trung Quốc). Ban điều hành Công ty đã hướng hoạt động lữ hành tập trung vào thị trường khách du lịch tàu biển, khách Trung Quốc đi trong ngày. Đầu năm 2006, khi tuyến du lịch đường biển Trung Quốc được khai thông trở lại, Công ty CP Du lịch Hạ Long là một trong 6 đơn vị được tham gia đón khách du lịch ở tuyến đường biển Bắc Hải - Hạ Long và Hải Nam - Hạ Long. Để khai thác tốt thị trường khách du lịch, Công ty đã tăng cường công tác quảng bá, xúc tiến tìm kiếm bạn hàng mới bằng cách thường xuyên tham gia vào những Hội chợ Du lịch, có những chương trình chăm sóc khách hàng thường xuyên. Đồng thời tăng cường mở các tour du lịch mới, mở rộng thị trường khai thác khách nội địa, các dịch vụ phục vụ ăn nghỉ, lưu trú. Năm 2006, tổng doanh thu của Công ty là 28 tỷ đồng, tăng 148%, trong đó kinh doanh lữ hành đạt con số 20 tỷ, tăng 225% so với kế hoạch năm. Riêng về hệ thống nhà hàng, khách sạn, hiện nay Công ty có 2 khách sạn đạt tiêu chuẩn 2 sao, đó là khách sạn Vườn Đào và Tiên Long, tổng số 185 phòng với sức chứa trên 300 khách. Vào mùa du lịch từ tháng 5 đến tháng 9, công suất buồng phòng của các khách sạn đều đạt từ 80 - 90%. Tuy nhiên có một thực tế là mặc dù hàng năm Công ty không ngừng cải tạo, đầu tư, nâng cấp nhưng khách sạn Vườn Đào và Tiên Long cũng chủ yếu phục vụ khách du lịch nội địa, khách bình dân vào những mùa lễ hội, còn những dịp khác trong năm, công suất sử dụng buồng phòng thường đạt rất thấp, doanh thu từ khách sạn không cao. Để đáp ứng nhu cầu phục vụ khách du lịch cao cấp, khách quốc tế, hiện nay Công ty cũng đang thuê thiết kế, quy hoạch và huy động vốn để xây dựng khách sạn đạt tiêu chuẩn từ 3 sao trở lên trong thời gian tới.
Cùng với lĩnh vực kinh doanh du lịch, Công ty tăng cường đầu tư khai thác lĩnh vực dịch vụ, đẩy mạnh việc sản xuất và kinh doanh cung cấp nước sinh hoạt cho 6 đơn vị kinh doanh du lịch trên địa bàn, tăng sản lượng nước đóng chai, dịch vụ vệ sinh và cung ứng tàu biển đảm bảo công ăn việc làm cho hơn 150 lao động, từng bước cải thiện điều kiện làm việc, tăng thu nhập cho người lao động.
Hàng năm, khi chuẩn bịbước vào mùa du lịch mới, Công ty Cổ phần Du lịch Hạ Long đều tiến hành rà soát lại toàn bộ cơ sở vật chất, các buồng phòng khách sạn cũng như có những chương trình tập huấn, bổ sung những kiến thức mới, nâng cao trình độ nghiệp vụ cho đội ngũ nhân viên để đáp ứng nhu cầu phục vụ khách du lịch. Đồng thời, trong tuần lễ Du lịch Hạ Long, Công ty cũng đưa ra những chương trình khuyến mãi như giảm giá phòng từ 10 - 20% v.v... để thu hút khách du lịch.
Mặc dù sau 2 năm đi vào cổ phần hoá, còn nhiều khó khăn về cơ sở vật chất cộng với bước sang năm 2006 giá thuê mặt bằng đất kinh doanh cao, nhưng với sự cố gắng, nỗ lực của toàn thể cán bộ, nhân viên, Công ty Cổ phần Du lịch Hạ Long đã tổ chức triển khai các hoạt động kinh doanh có hiệu quả, đảm bảo việc làm cho người lao động, củng cố và nâng cao được thương hiệu của Công ty. Với thành tích này, năm 2006, Công ty Cổ phần Du lịch Hạ Long được Tổng Cục Du lịch tặng bằng khen.