Vốn là một thế mạnh trong phát triển kinh tế của địa phương nên từ nhiều năm nay ngành thuỷ sản đã được huyện Yên Hưng chú trọng đầu tư, phát triển, nhất là lĩnh vực nuôi trồng thuỷ sản. Mặc dù vậy, hiện tại chính lĩnh vực này lại đang phải đối mặt với những khó khăn về cơ sở hạ tầng, về vốn, giống, dịch bệnh, môi trường...
Phần lớn các đầm nuôi trồng thuỷ sản ở Yên Hưng vẫn theo hình thức quảng canh, phụ thuộc vào thiên nhiên là chính.
Yên Hưng vừa kết thúc vụ sản xuất thuỷ sản xuân - hè năm 2009 và theo báo cáo của Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện, tổng sản lượng thuỷ sản trên địa bàn là 11.475 tấn, đạt 76,5% kế hoạch năm. Trong đó, nuôi trồng thuỷ sản chỉ đạt 3.180 tấn, bằng 63,6% kế hoạch. So với cùng kỳ năm 2008, sản lượng nuôi trồng thuỷ sản có tăng nhưng không đáng kể và chưa đáp ứng được kỳ vọng của người dân cũng như của huyện. Tuy nhiên, kết quả này cũng đã là một cố gắng rất đáng ghi nhận của Yên Hưng. Bởi thực tế cho thấy, nuôi trồng thuỷ sản ở Yên Hưng phát triển với tốc độ nhanh nhưng chủ yếu vẫn theo hình thức quảng canh, điều kiện nuôi thuỷ sản theo hướng thâm canh gặp nhiều khó khăn. Trong đó khó khăn lớn nhất là cơ sở hạ tầng, đặc biệt là hệ thống thuỷ lợi phục vụ nuôi thuỷ sản chưa đáp ứng yêu cầu. Hiện nay, hầu hết diện tích ao, đầm nuôi thuỷ sản của huyện đều dựa vào nguồn nước tự nhiên. Trong khi đó môi trường nước ngày càng ô nhiễm, ảnh hưởng không nhỏ đến quá trình sinh sản, phát triển của vật nuôi. Mặt khác, những năm qua, Yên Hưng đã được phê duyệt các dự án chuyển đổi 3 vùng trồng lúa kém hiệu quả sang nuôi trồng thuỷ sản ở Sông Khoai, Hà An và Hà Nam với tổng kinh phí hơn 70 tỷ đồng nhưng việc hỗ trợ đầu tư các dự án lại chưa đáp ứng được yêu cầu; năm 2008, huyện được hỗ trợ 370 triệu đồng; năm 2009 được hỗ trợ 1 tỷ đồng. Do đầu tư chưa thoả đáng nên cơ sở hạ tầng phục vụ nuôi trồng thuỷ sản còn manh mún, chưa đúng tầm.
Bên cạnh đó, chất lượng con giống trong nuôi trồng thuỷ sản ở Yên Hưng cũng chưa được đảm bảo, chưa được quản lý chặt chẽ. Mặc dù năm 2009, các cơ sở sản xuất, cung ứng giống đã có nhiều tiến bộ, ngày càng hướng tới việc sản xuất con giống có chất lượng cao hơn nhằm tạo dựng uy tín cho đơn vị. Đặc biệt, huyện đã có 2 cơ sở chủ động trong việc sản xuất giống tôm sú và cua biển, đưa ra thị trường trên 7 triệu tôm sú giống và 10 vạn cua giống. Tuy nhiên, trong vụ xuân - hè năm 2009, toàn huyện đã thả 371 triệu con tôm, cá giống thì phần lớn trong số này vẫn được nhập từ những nguồn trôi nổi, không được kiểm dịch chặt chẽ. Đồng chí Đinh Đức Thành, Trưởng phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Yên Hưng, cho biết: “Không chủ động được con giống là khó khăn rất lớn của nghề nuôi trồng thuỷ sản ở Yên Hưng hiện nay, nhất là về giống tôm. Do giống ở các cơ sở sản xuất uy tín trong nước chi phí cao nên nhiều hộ ham rẻ, nhập giống từ các nguồn không rõ ràng, dẫn đến tình trạng tỷ lệ tôm sống thấp, dễ dịch bệnh. Vì thế, chúng tôi rất mong các cơ quan chức năng quan tâm đầu tư khâu sản xuất giống có chất lượng cao, phục vụ nhu cầu nuôi thuỷ sản của bà con”.
Không chỉ có khó khăn về cơ sở hạ tầng, về nguồn giống, người nuôi trồng thuỷ sản ở Yên Hưng còn thiếu kiến thức và thường chỉ làm theo cảm tính dựa vào kinh nghiệm là chính. Các hộ thường chỉ đắp đê bao, xây cống, lấy nước vào ao, đầm theo thuỷ triều, chủ yếu sử dụng thức ăn sẵn trong môi trường nước. Các kiến thức về chăm sóc tôm, cá, quản lý môi trường nước để phòng trừ dịch bệnh hầu như chưa có. Chính vì vậy năng suất và sản lượng của huyện chưa cao, không ổn định, dịch bệnh thường xuyên xảy ra. Ngay trong vụ xuân - hè vừa qua, nhiều diện tích nuôi tôm ở Yên Hưng đã bị nhiễm vi rút đốm trắng. Tháng 8 và tháng 9, hơn 200 ha nuôi cá nước ngọt của huyện cũng bị dịch bệnh, gây thiệt hại hơn 40 tấn. Bên cạnh đó, nguồn vốn của nông dân đầu tư vào nuôi trồng thuỷ sản còn hạn hẹp, các nguồn vay hỗ trợ khó tiếp cận, nên bà con rất khó khăn đầu tư lớn để mở rộng sản xuất.
