Là đơn vị khai thác than lộ thiên (-300m so với mực nước biển), chất thải rắn chủ yếu của Công ty CP Than Cọc Sáu - TKV là đất đá. Trung bình mỗi năm Công ty này đổ thải khoảng trên 30 triệu m3 đất đá cùng nhiều chất thải nguy hại khác như bình ắc-quy, dầu thải, phin lọc dầu với tổng lượng thải trung bình trên 200 nghìn tấn/năm.
Ngoài ra, nước thải, bụi phát sinh ở các công đoạn của các dây chuyền sản xuất tập trung ở các khâu: khoan, nổ mìn, vận chuyển đất đá và than trên khai trường rất lớn. Chính vì vậy, cùng với việc phát triển sản xuất kinh doanh thì vấn đề bảo vệ môi trường được Công ty đặc biệt chú trọng.
Việc đổ thải được Công ty quan tâm qui hoạch lâu dài. Tất cả các khu vực đổ thải đều được vận chuyển từ khai trường sản xuất ra đổ thải tại các bãi thải theo thiết kế và phê duyệt hàng năm của TKV. Hiện nay, Công ty đổ thải bằng cả hai phương pháp: đổ thải ngoài và đổ thải trong. Các mức tầng thải có chiều cao tầng từ 25-30m theo trình tự từ dưới lên để hạn chế sự trôi lấp và giảm lượng bụi phát sinh các khu vực đổ thải làm ảnh hưởng tới môi trường. Đặc biệt, các hộ chiếu đổ thải đều được thiết kế trên cơ sở đảm bảo thoát nước, hạn chế tụt lở, trôi lấp và ít ảnh hưởng đến các vùng lân cận. Riêng với bãi thải khu vực Khe Rè, Công ty đã đầu tư xây dựng hệ thống đập chắn đất số 4 đảm bảo an toàn cho khu vực dân cư phường Cửa Ông. Khu vực bãi thải thấp Khe Rè đang tiến hành đổ hoàn chỉnh các phân tầng đúng giới hạn để hoàn nguyên.
Hàng năm, trước mùa mưa bão Công ty xây dựng kế hoạch và tổ chức cải tạo, mở rộng lòng mương, khơi thông dòng chảy nhằm giải quyết tốt vấn đề thoát nước. Trung bình mỗi năm Công ty thi công nạo vét, xúc dọn từ 25.000 đến 35.000m3 đất đá tại các hệ thống mương thoát nước qua khu vực dân cư với kinh phí trên 350 triệu đồng; đồng thời sửa chữa, củng cố kè đá hộc dọc hai bên bờ mương với số tiền đầu tư hơn 540 triệu đồng. Nhằm hạn chế ảnh hưởng của nước thải đến môi trường, thời gian qua, Công ty đã tổ chức bơm chuyển tải 2 cấp. Cụ thể là, nước từ dưới đáy mỏ được bơm lên Động Tụ Nam mức -34 để lắng đọng bùn đất và trung hoà nồng độ axít từ nguồn nước mặt đổ về, sau đó tiếp tục bơm lên cửa lò thoát nước +28 chảy qua hệ thống mương cầu Hóa Chất ra biển. Để giảm thiểu tác động của khí thải độc hại, các thiết bị cơ giới của Công ty đều được sửa chữa định kỳ đúng hạn, ngoài ra đơn vị còn đầu tư các thiết bị vận tải mới hiện đại thay thế các phương tiện cũ nhằm nâng cao chất lượng thiết bị, giảm lượng khí độc hại phát sinh. Hiện nay, Công ty đã đầu tư mới 40 xe vận tải đất có trọng tải từ 36,5 tấn đến 91 tấn.
Việc xử lý bụi cũng được đơn vị thực hiện nghiêm túc. Các máy khoan xoay cầu được khoan nước dập bụi ngay trong lỗ khoan, giảm nồng độ bụi phát tán ra các khu vực xung quanh. Các tuyến đường vận chuyển than, đất đá và đường qua khu dân cư thường xuyên được tưới nước chống bụi. Do chủ trương tập trung sửa chữa thiết bị phương tiện để đáp ứng tốt cho sản xuất nên lượng chất thải nguy hại tại các phân xưởng sửa chữa phát sinh nhiều hơn các đơn vị khác. Chính vì vậy, Công ty đã đầu tư sửa chữa 2 kho chứa chất thải nguy hại trị giá 130 triệu đồng. Đối với các đơn vị có mức độ phát sinh chất thải nguy hại ít hơn, Công ty trang bị các thùng chứa nhỏ có thiết kế đảm bảo an toàn và vệ sinh môi trường trong quá trình lưu giữ tạm thời. Để góp phần cải thiện môi trường, chống xói mòn và hoàn nguyên môi trường đất, đơn vị luôn quan tâm đến công tác trồng cây xanh bảo vệ môi trường nhằm giảm thiểu nồng độ bụi phát sinh và ngăn chặn chống xói lở môi trường đất. Hiện nay, đơn vị đã tập trung trồng cây chống bụi và cải tạo phục hồi môi trường các khu vực khai trường, văn phòng, bến xe... với tổng số 24.090 cây các loại, giá trị thực hiện trên 580 triệu đồng.
Trong năm 2009, đơn vị tập trung cải tạo, củng cố các công trình thuộc hệ thống thoát nước suối Ông Linh đảm bảo an toàn cho dân cư. Công ty CP Than Cọc Sáu đang phối hợp với đơn vị tư vấn đẩy nhanh tiến độ xây dựng nhà máy xử lý nước thải mỏ đảm bảo tiêu chuẩn trước khi thải ra môi trường; tiếp tục thực hiện đổ thải bãi thải thấp gồm nhiều cấp tạo các vành đai ngăn chắn giảm sự sụt lở các bãi thải, sự bồi lấp chất thải xuống khu dân cư, thuận tiện cho công tác hoàn nguyên môi trường.
