Theo Bộ GD-ĐT, trong năm 2006, mức chi trên đầu sinh viên ở các trường đại học (ĐH) đạt khoảng 7 triệu đồng/người. Tổng số tiền thu được từ học phí và lệ phí ở các trường ĐH trên 1.304 tỷ đồng, tăng 22% so với dự toán do Bộ Tài chính giao. Nhiều trường đã tăng mức chi đào tạo ĐH, CĐ lên khoảng 2,8 triệu đồng/sinh viên/năm; cộng với các nguồn thu khác của trường, đã góp phần đạt được mức chi nêu trên.
Trong khi đó, đối với các trường đào tạo học sinh dân tộc thiểu số, dự bị ĐH, mức chi từ ngân sách nhà nước đạt mức cao nhất: 9,25 triệu đồng/học sinh/năm.
Cũng do hạn chế về nguồn thu nên các trường đang chuẩn bị tự chủ 100% kinh phí hoạt động (gồm: ĐH Kinh tế quốc dân Hà Nội, ĐH Kinh tế TPHCM, ĐH Hà Nội và ĐH Ngoại thương) còn gặp nhiều khó khăn.
Năm 2007, Bộ GD-ĐT sẽ chủ trì phối hợp với Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ ban hành thông tư hướng dẫn Nghị định 43/NĐ-CP nhằm thực hiện đồng bộ cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm, tiến tới tự trang trải toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên đối với một số trường ĐH có nguồn thu lớn và ổn định, điều chỉnh mức thu học phí.
