Rời bỏ cung vàng, điện ngọc, vua Trần Nhân Tông đã xuất gia, quyết chí về Yên Tử tu hành vào năm 1299. Hơn 700 năm đã trôi qua, dấu chân vua vẫn còn đâu đây trên những tuyến hành hương, những chùa tháp cổ kính, rêu phong trầm mặc giữa đại ngàn Yên Tử. Và dòng Phật giáo Trúc Lâm vua sáng lập khi ấy vẫn trường tồn, được UNESCO đánh giá cao khi vinh danh Quần thể di tích - danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc là Di sản văn hóa thế giới.
Sử sách ghi chép lại rằng, sau khi đất nước thái bình thịnh trị, vua Trần Nhân Tông - người luôn có lòng hướng Phật, đã nhường ngôi cho con, xuất gia tại hành cung Vũ Lâm (Ninh Bình) và đến năm 1299 thì về với Yên Tử. Hòa thượng Thích Thanh Quyết, Phó Chủ tịch Hội đồng trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Trưởng Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Quảng Ninh, phân tích: Cách thời nhà Trần nghìn năm trước, đạo sĩ An Kỳ Sinh đã ở đây làm thuốc cứu dân độ thế rồi nên chắc chắn là dân phải đông và ở đây phải là đất tốt, đất đẹp. Vào cuối thời Lý, tổ Hiện Quang đã trụ trì ở Yên Tử. Trải qua các đời, ở Yên Tử đã có nhiều tổ sư tu hành đắc đạo, nơi đây đã trở thành linh địa, từ vua Trần Thái Tông rồi đến Trần Nhân Tông đều chọn nơi đây hẳn là có sự lựa chọn, vua ra để tìm thầy đắc đạo, để cầu đạo…
Phật hoàng Trần Nhân Tông là vị vua giác ngộ đạo Phật. Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng khi về Yên Tử, Ngài đã giác ngộ, đạt đạo. Các tích chuyện còn lưu truyền gắn với hệ thống chùa dẫn vào Yên Tử hiện nay đều thể hiện những dấu tích năm xưa Phật hoàng đã đi qua, đã dừng chân, nằm trong quần thể các di tích liên quan đến cuộc đời, sự nghiệp tu hành của Phật hoàng Trần Nhân Tông và sự ra đời của Phật giáo Trúc Lâm trên dãy núi Yên Tử.
Những dấu tích ấy cũng cho thấy chặng đường khi xưa còn chìm trong rừng rậm, núi cao, suối khe ngăn trở thì bước chân người xưa hẳn là gian nan biết bao. Tương truyền, chùa Suối Tắm là nơi Ngài dừng lại tắm giặt, rũ sạch bụi trần; chùa Cầm Thực là nơi Ngài uống nước suối thay cơm, thể hiện tinh thần quyết tâm tu tập; chùa Giải Oan là nơi các cung nữ gieo mình khi không thuyết phục được Ngài về kinh, thể hiện quyết tâm không lùi bước; thác Ngự Dội và am Thiền Định là nơi Ngài ngồi hoà vào thiên nhiên tham thiền nhập định; chùa Một Mái là nơi Ngài tập trung đọc sách, thiền định; Am Dược, Am Thung là nơi Ngài và các ngự y chế thuốc luyện đan vào mỗi mùa xuân; chùa Lân, chùa Hoa Yên là nơi Ngài thuyết pháp; chùa Vân Tiêu là nơi Ngài ở và truyền tâm ấn cho Pháp Loa, Bảo Sái; am - chùa Ngọa Vân là nơi Ngài chọn để tu thiền và hóa Phật, hoàn thành trọn vẹn quá trình tu tập của mình.
Qua nghiên cứu của các nhà khoa học cho thấy, các điểm chùa, am tháp này chủ yếu được khởi dựng từ thời Lý, Trần ở những vị trí đẹp về mặt phong thủy, sau này tiếp tục được tôn tạo, mở rộng vào những đời sau. Các vườn tháp tại chùa Lân, vườn tháp Hòn Ngọc, chùa Hoa Yên, vườn tháp Vọng Tiên Cung tại chùa Vân Tiêu là những vườn tháp lớn với hàng trăm tháp, am lớn nhỏ, là nơi an nghỉ của các Thiền sư Trúc Lâm. Trong đó, tháp Huệ Quang tại khu vực chùa Hoa Yên, tháp Phật hoàng tại am - chùa Ngọa Vân và chùa Quỳnh Lâm là những nơi an trí xá lỵ Phật hoàng Trần Nhân Tông ở Quảng Ninh. Tháp Huệ Quang còn có tượng Phật hoàng bằng đá cẩm thạch, đã được công nhận là Bảo vật quốc gia vào năm 2020.
Trên những lối hành hương năm xưa của Phật hoàng, những cây thông, xích tùng được các thiền sư ươm trồng nay đã trở thành cổ thụ, vươn cao, xòe tán tỏa bóng mát xuống những ngọn tháp, vườn chùa và lối đi len lỏi giữa rừng cây. Ở Yên Tử, xích tùng chủ yếu được trồng ở độ cao 400-600m và một số ít ở độ cao khoảng 750m, gắn với các ngôi chùa, mộ tháp chính và dọc các tuyến hành hương kết nối các cụm di tích. Ở khu am - chùa Ngọa Vân, nơi Phật hoàng nhập niết bàn, một tuyến đường hành hương nối di tích này với quê cha đất tổ của nhà Trần ở An Sinh, cũng được đánh dấu bằng các cây thông cổ và các điểm dừng chân giữa đường.
Theo lối của người xưa đi từ chân lên tới đỉnh núi Yên Tử mới thấy các ngôi chùa, tháp được xây dựng ở những độ cao nhất định, qua đo đạc của các nhà nghiên cứu thì chủ yếu phân bố ở các cao độ dưới 200 m, từ 400-600 m và 700-900 m so với mực nước biển, trong khi các thác nước và vách đá tự nhiên ở độ cao khoảng 500-550 m, trùng với một đới đứt gãy địa chất tự nhiên.
TS. Nguyễn Văn Anh, Trưởng Khoa Lịch sử và Văn hóa, Trường Đại học KHXH-NV, Đại học Quốc gia Hà Nội, nhận định: Vào thời Trần, các chùa trên dãy Yên Tử ở lưng núi và trên cao có địa hình phức tạp hơn, thường được sắp đặt và bố trí nương tựa vào địa hình tự nhiên, quy mô công trình không lớn, hạn chế tối đa việc can thiệp, cải tạo địa hình tự nhiên, thể hiện rõ triết lý hòa đồng với tự nhiên của Phật giáo Trúc Lâm. Sau này khi Phật giáo Trúc Lâm phục hưng mạnh mẽ dưới thời Lê Trung hưng thì triết lý hài hòa, nương tựa vào tự nhiên có xu hướng giảm đi, thay vào đó là cải tạo địa hình tự nhiên, tạo dựng mặt bằng để xây dựng công trình, trong đó có nhiều chùa được cải tạo với quy mô lớn hơn.
Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử - Vĩnh Nghiêm - Côn Sơn, Kiếp Bạc là không gian di sản gắn với nhà Trần, gắn với sự ra đời, phát triển của dòng Phật giáo Trúc Lâm do Phật hoàng Trần Nhân Tông khởi xướng, đã được UNESCO vinh danh là di sản văn hóa của nhân loại. Đi theo dấu chân của người xưa, mỗi năm có hàng triệu du khách bốn phương tìm về Yên Tử tham quan, chiêm bái, để càng hiểu hơn, trân quý hơn những giá trị của một dòng Phật giáo đã đồng hành với dân tộc qua bao thăng trầm của lịch sử và tiếp tục phát triển, lan tỏa giá trị tốt đẹp trong đời sống hôm nay.
